Hiệu suất của bốn xét nghiệm khuếch đại axit nucleic để xác định SARS-CoV-2 ở Ethiopia

Cảm ơn bạn đã ghé thăm Nature.com. Bạn đang sử dụng phiên bản trình duyệt có hỗ trợ CSS hạn chế. Để có trải nghiệm tốt nhất, chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng trình duyệt đã cập nhật (hoặc tắt Chế độ tương thích trong Internet Explorer). Ngoài ra, để đảm bảo được hỗ trợ liên tục, chúng tôi hiển thị trang web không có kiểu và JavaScript.
Hiển thị băng chuyền gồm ba trang trình bày cùng một lúc. Sử dụng các nút Trước và Tiếp theo để di chuyển qua ba trang chiếu cùng một lúc hoặc sử dụng các nút trượt ở cuối để di chuyển qua ba trang chiếu cùng một lúc.
Kể từ khi dịch bệnh vi-rút Corona năm 2019 (Covid-19) bùng phát, nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới và trở thành xét nghiệm tiêu chuẩn. Mặc dù một số xét nghiệm đã nhanh chóng được phát triển và áp dụng cho các xét nghiệm chẩn đoán trong phòng thí nghiệm, nhưng hiệu quả của các xét nghiệm này vẫn chưa được đánh giá ở nhiều môi trường khác nhau. Do đó, nghiên cứu này nhằm mục đích đánh giá hiệu suất của các xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI và Sansure Biotech bằng cách sử dụng Tiêu chuẩn tham chiếu tổng hợp (CRS). Nghiên cứu được thực hiện tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) từ ngày 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020. 164 mẫu vòm họng được chiết xuất bằng bộ mini QIAamp RNA và hệ thống chuẩn bị mẫu DNA của Abbott. Trong số 164 mẫu, 59,1% dương tính và 40,9% âm tính với CRS. Mức độ tích cực của Sansure Biotech thấp đáng kể so với CRS (p < 0,05). Mức độ tích cực của Sansure Biotech thấp đáng kể so với CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech được đánh giá cao về chỉ số CRS (p < 0,05). Kết quả khả quan của Sansure Biotech thấp hơn đáng kể so với CRS (p < 0,05).与CRS 相比, Công nghệ sinh học Sansure 的阳性率显着较低(p < 0,05)。与CRS 相比, Công nghệ sinh học Sansure 的阳性率显着较低(p < 0,05)。 У Sansure Biotech được đánh giá cao về khả năng đạt được CRS (p < 0,05). Sansure Biotech có kết quả tích cực ít hơn đáng kể so với CRS (p < 0,05).Sự đồng ý chung của bốn phân tích là 96,3–100% so với CRS. Ngoài tỷ lệ dương tính thấp của xét nghiệm Sansure Biotech, hiệu suất của bốn xét nghiệm gần như tương đương nhau. Do đó, xét nghiệm Sansure Biotech [Chỉ nghiên cứu (RUO)] yêu cầu xác nhận bổ sung để sử dụng ở Ethiopia. Cuối cùng, cần xem xét nghiên cứu bổ sung để đánh giá các xét nghiệm phù hợp với tuyên bố của nhà sản xuất.
Xét nghiệm trong phòng thí nghiệm là một phần trong Kế hoạch chiến lược của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) về Chuẩn bị và Ứng phó với Bệnh vi-rút Corona 2019 (Covid-19) (SPRP). WHO khuyến cáo các nước cần xây dựng năng lực phòng thí nghiệm để cải thiện khả năng chuẩn bị, quản lý ca bệnh phù hợp, cảnh giác và ứng phó nhanh chóng với các thách thức sức khỏe cộng đồng. Điều này cho thấy vai trò của phòng thí nghiệm là chìa khóa để mô tả đặc điểm bệnh tật và dịch tễ học của các tác nhân truyền nhiễm mới nổi cũng như kiểm soát sự lây lan của chúng.
Việc chẩn đoán COVID-19 yêu cầu thông tin dịch tễ học và y tế, các triệu chứng/dấu hiệu cá nhân cũng như dữ liệu X quang và xét nghiệm2. Kể từ khi dịch COVID-19 được báo cáo ở Vũ Hán, Trung Quốc, nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới. Phản ứng chuỗi polymerase sao chép ngược thời gian thực (rRT-PCR) đã được sử dụng như một phương pháp thông thường và tiêu chuẩn để chẩn đoán trong phòng thí nghiệm về nhiễm trùng hội chứng hô hấp cấp tính nặng 2 (SARS-CoV-2)3. Việc phát hiện phân tử SARS-CoV-2 thường dựa trên các gen N (gen protein nucleocapsid), E (gen protein vỏ) và RdRp (gen RNA polymerase phụ thuộc RNA) trong ORF1a/b (khung đọc mở 1a/b) . vùng gen) được xác định từ bộ gen của virus. Chúng được coi là khu vực bảo tồn chính được tìm thấy trong bộ gen của virus để nhận dạng virus4. Trong số các gen này, gen RdRp và E có độ nhạy phát hiện phân tích cao, trong khi gen N có độ nhạy phân tích thấp5.
Hiệu suất của xét nghiệm PCR có thể khác nhau tùy thuộc vào nhiều yếu tố khác nhau như: thuốc thử chiết, thuốc thử khuếch đại/phát hiện, phương pháp chiết, chất lượng của máy PCR và các thiết bị khác. Tính đến tháng 4 năm 2020, hơn 48 thiết bị chẩn đoán khác nhau từ chín quốc gia đã nhận được Giấy phép Sử dụng Khẩn cấp (EUA) để chẩn đoán COVID-196. Tại Ethiopia, hơn 14 nền tảng PCR thời gian thực được sử dụng để phát hiện PCR SARS-CoV-2 tại 26 cơ sở y tế công cộng, bao gồm ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 và Quant-studio7. Ngoài ra, còn có nhiều bộ xét nghiệm PCR khác nhau, chẳng hạn như xét nghiệm Daan Gene, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Công nghệ sinh học Sansure và xét nghiệm BGI SARS-CoV-2. Mặc dù rRT-PCR có độ nhạy cao nhưng một số bệnh nhân mắc COVID-19 báo cáo kết quả âm tính giả do không đủ bản sao axit ribonucleic (RNA) của virus trong các mẫu do thu thập, vận chuyển, bảo quản và xử lý cũng như xét nghiệm trong phòng thí nghiệm không đúng cách. điều kiện và hành động của nhân viên8. Ngoài ra, việc xử lý sai mẫu hoặc mẫu đối chứng, cài đặt ngưỡng chu kỳ (Ct) và phản ứng chéo với các axit nucleic gây bệnh khác hoặc RNA SARS-CoV-2 không hoạt động/dư lượng có thể dẫn đến kết quả dương tính giả trong xét nghiệm rRT-PCR9. Vì vậy, rõ ràng là các xét nghiệm PCR thực sự có thể xác định được những người mang các đoạn gen, vì chúng thậm chí không thể phân biệt giữa các gen virus thực sự hoạt động, vì vậy các xét nghiệm chỉ có thể xác định được người mang gen chứ không phải bệnh nhân10. Do đó, điều quan trọng là phải đánh giá hiệu suất chẩn đoán bằng các phương pháp tiêu chuẩn trong môi trường của chúng tôi. Mặc dù nhiều thuốc thử NAAT có sẵn tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) và trên toàn quốc nhưng vẫn chưa có đánh giá so sánh nào về hiệu quả của chúng. Do đó, nghiên cứu này nhằm mục đích đánh giá hiệu suất so sánh của các bộ dụng cụ thương mại hiện có để phát hiện SARS-CoV-2 bằng rRT-PCR bằng cách sử dụng mẫu bệnh phẩm.
Tổng cộng có 164 người tham gia bị nghi ngờ nhiễm COVID-19 đã được đưa vào nghiên cứu này. Phần lớn mẫu đến từ các trung tâm điều trị (118/164 = 72%), trong khi 46 người tham gia còn lại (28%) đến từ các trung tâm không điều trị. Trong số những người tham gia không được điều trị tại trung tâm, 15 (9,1%) có trường hợp nghi ngờ lâm sàng và 31 (18,9%) có tiếp xúc với các trường hợp được xác nhận. Chín mươi ba (56,7%) người tham gia là nam giới và tuổi trung bình (± SD) của những người tham gia là 31,10 (± 11,82) tuổi.
Trong nghiên cứu này, tỷ lệ dương tính và âm tính của bốn xét nghiệm đối với COVID-19 đã được xác định. Do đó, tỷ lệ dương tính của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Daan Gene 2019-nCoV, xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV lần lượt là 59,1%, 58,5%, 57,9% và 55,5%. . Điểm chuẩn tham chiếu tổng hợp dương và âm (CRS) lần lượt là 97 (59,1%) và 67 (40,9%) (Bảng 1). Trong nghiên cứu này, định nghĩa về CRS dựa trên quy tắc “dương tính bất kỳ”, theo đó trong số bốn kết quả xét nghiệm, hai hoặc nhiều kết quả xét nghiệm cho cùng một kết quả được coi là dương tính hoặc âm tính thực sự.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi nhận thấy tỷ lệ phần trăm đồng ý âm (NPA) là 100% (KTC 95% 94,6–100) cho tất cả các phân tích so với CRS. Phân tích Công nghệ sinh học Sansure cho thấy PPA tối thiểu là 93,8% (KTC 95% 87,2-97,1) và phân tích Daan Gene 2019-nCoV có mức đồng thuận tổng thể là 99,4% (KTC 95% 96,6-99,9). Ngược lại, sự đồng thuận chung giữa xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV lần lượt là 98,8% và 96,3% (Bảng 2).
Hệ số đồng thuận kappa của Cohen giữa kết quả xét nghiệm CRS và Abbott SARS-CoV-2 là hoàn toàn nhất quán (K = 1,00). Tương tự, các giá trị kappa của Cohen được phát hiện bởi Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI và Sansure Biotech 2019-nCoV cũng hoàn toàn phù hợp với CRS (K ≥ 0,925). Trong phân tích so sánh này, xét nghiệm chi bình phương (thử nghiệm McNemar) cho thấy kết quả xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV khác biệt đáng kể so với kết quả CRS (p = 0,031) (Bảng 2).
Như thể hiện trong hình.1 tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (gen RdRp và N kết hợp) là 87,6% và giá trị Ct gen ORF1a/b của xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp Giá trị Ct (< 20 Ct) là 50,3% và giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%. 1 tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (gen RdRp và N kết hợp) là 87,6% và giá trị Ct gen ORF1a/b của xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp Giá trị Ct (< 20 Ct) là 50,3% và giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%.Như thể hiện trong hình.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) và Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) đạt 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV đã đạt được mức tăng trưởng 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) đạt 3,2%. Như được hiển thị trong Hình 1, tỷ lệ phân tích giá trị Ct (< 20 Ct) thấp nhất của Abbott SARS-CoV-2 (gen kết hợp RdRp và N) là 87,6% và giá trị Ct trong phân tích gen ORF1a/b của Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy trong đó tỷ lệ Ct có giá trị thấp (< 20 Ct) chiếm 50,3% và Ct có giá trị cao (36–40 Ct) chiếm 3,2%.如图1 所示,Abbott SARS-CoV-2 检测(结合RdRp 和N 基因)的最低Ct 值百分比(< 20 Ct)为87,6%,Sansure Biotech 2019-nCoV检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%,高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3,2%。 Như trong Hình 1, tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp giữa gen RdRp và gen N) là 87,6%, giá trị Ct gen ORF1a/b của xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy tỷ lệ phần trăm Ct值(< 20 Ct) 的 thấp là 50,3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 tỷ lệ phần trăm là 3,2%. Ví dụ: Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) và một số người đã xác nhận về việc cung cấp cho значение Ct (< 20 Ct) được размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Như được hiển thị trong Hình 1, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp gen RdRp và N) có tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) ở mức 87,6%, trong khi giá trị Ct của gen ORF1a/b trong Sansure Nghiên cứu công nghệ sinh học 2019 – Phân tích nCoV cho thấy Ct. Tỷ lệ phần trăm (< 20 Ct) là 50,3%, và tỷ lệ phần trăm là 3,2%. Tỷ lệ giá trị (< 20 Ct) là 50,3% và tỷ lệ giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%.Xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 B ghi nhận giá trị Ct trên 30. Mặt khác, trên gen ORF1a/b của xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 có tỷ lệ giá trị Ct cao (> 36 Ct) là 4% (Hình 1). Mặt khác, trên gen ORF1a/b của xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 có tỷ lệ giá trị Ct cao (> 36 Ct) là 4% (Hình 1). Theo ông, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), tỷ lệ которого составлял 4% (tr. 1). Mặt khác, trong phân tích gen BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b có giá trị Ct cao (> 36 Ct), tỷ lệ này là 4% (Hình 1).另一方面,在BGI SARS-CoV-2 检测中,ORF1a/b 基因具有高Ct 值(> 36 Ct)的百分比为4%(图1)。 Mặt khác, trong phát hiện BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (>36 Ct) là 4% (Hình 1). Theo ông, в анализе BGI SARS-CoV-2 đã đạt được mức tăng trưởng ORF1a/b là высокими значениями Ct (>36 Ct) đạt 4% (рис. 1). Mặt khác, trong phân tích BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (>36 Ct) là 4% (Hình 1).
Trong nghiên cứu này, chúng tôi lấy 164 mẫu vòm họng. Đối với tất cả các loại xét nghiệm, việc phân lập và khuếch đại RNA được thực hiện bằng các phương pháp và bộ dụng cụ được các nhà sản xuất tương ứng khuyến nghị.
Nghiên cứu này đã chứng minh rằng xét nghiệm SARS-CoV-2 của Abbott có hiệu suất phát hiện tương tự như CRS, với mức độ phù hợp 100% dương tính, âm tính và tổng thể. Thỏa thuận kappa của Cohen là 1,00, biểu thị sự đồng ý hoàn toàn với CRS. Một nghiên cứu tương tự của Đại học Washington ở Mỹ cho thấy độ nhạy và độ đặc hiệu tổng thể của xét nghiệm Abbott đối với SARS-CoV-2 lần lượt là 93% và 100% so với xét nghiệm do phòng thí nghiệm xác định (LDA) của CDC. . 11. Hệ thống phát hiện SARS-CoV-2 của Abbott dựa trên khả năng phát hiện kết hợp đồng thời giữa gen N và RdRp, vì cả hai gen đều nhạy hơn, giảm thiểu kết quả âm tính giả12. Một nghiên cứu ở Vienna, Áo cũng chỉ ra rằng thể tích mẫu chiết lớn và thể tích rửa giải phát hiện giảm thiểu hiệu ứng pha loãng và tăng hiệu quả phát hiện13. Do đó, sự kết hợp hoàn hảo của Abbott cho xét nghiệm SARS-CoV-2 có thể được liên kết với một hệ thống phát hiện nền tảng phát hiện đồng thời các gen tổ hợp, chiết xuất một số lượng lớn mẫu (0,5 ml) và sử dụng một lượng lớn dung dịch rửa giải (40 µl).
Kết quả của chúng tôi cũng cho thấy hiệu suất phát hiện của xét nghiệm di truyền Daan gần như tương đương với CRS. Điều này nhất quán với một nghiên cứu14 được thực hiện tại Đại học An Huy ở Hoài Nam, Trung Quốc và tuyên bố của nhà sản xuất là 100% đồng ý tích cực. Bất chấp các báo cáo về kết quả nhất quán, một mẫu vẫn âm tính giả sau khi xét nghiệm lại cùng chất rửa giải, nhưng lại dương tính trong xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 và Sansure Biotech nCoV-2019. Điều này cho thấy rằng có thể có sự khác biệt về kết quả giữa các loại xét nghiệm khác nhau. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện ở Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm Daan Gene khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm xác định. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện ở Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm Daan Gene khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm xác định. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от và đó là lý do tại sao. Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả phân tích của Daan Gene khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với phân tích tham chiếu trong phòng thí nghiệm của họ.然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异(p < 0,05)。然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测Bạn có thể làm được điều đó không? <0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) là một trong những khoản tiền lớn nhất mà bạn có thể nhận được. Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả xét nghiệm di truyền của Daan khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với xét nghiệm tham chiếu trong phòng thí nghiệm.Sự khác biệt này có thể là do độ nhạy của xét nghiệm tham chiếu trong việc phát hiện SARS-CoV-2 và các nghiên cứu sâu hơn có thể rất quan trọng để xác định nguyên nhân.
Ngoài ra, nghiên cứu của chúng tôi đã đánh giá hiệu suất so sánh của xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 với CRS, cho thấy tỷ lệ phần trăm dương tính rất cao (PPA = 97,9%), tỷ lệ phần trăm âm tính (NPA = 100%) và tỷ lệ phần trăm tổng thể đồng ý theo giới tính ( OPA). ). = 98,8%). Giá trị Kappa của Cohen thể hiện sự phù hợp tốt (K = 0,975). Các nghiên cứu ở Hà Lan16 và Trung Quốc15 đã cho thấy kết quả nhất quán. Xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 là xét nghiệm phát hiện gen đơn (ORF1a/b) sử dụng 10 µl dịch rửa giải khuếch đại/phát hiện. Mặc dù thống kê phù hợp với kết quả tham chiếu của chúng tôi, phân tích đã bỏ sót hai mẫu dương tính (1,22%) trong tổng số mẫu. Điều này có thể có ý nghĩa lâm sàng rất lớn đối với động lực lây truyền ở cả cấp độ bệnh nhân và cộng đồng.
Một phân tích so sánh khác được đưa vào nghiên cứu này là xét nghiệm Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); tỷ lệ trận đấu tổng thể là 96,3%. Mức độ đồng thuận cũng được xác định bởi giá trị Cohen's Kappa, là 0,925, cho thấy sự đồng ý hoàn toàn với CRS. Một lần nữa, kết quả của chúng tôi giống hệt với các nghiên cứu được thực hiện tại Đại học Trung Nam ở Trường Sa, Trung Quốc và tại Khoa Thí nghiệm Lâm sàng của Bệnh viện Nhân dân Liễu Châu, Thành phố Liễu Châu, Trung Quốc17. Mặc dù sự phù hợp thống kê tốt nêu trên đã được ghi nhận, nhưng phép thử chi bình phương (thử nghiệm MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm Sansure Biotech có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p < 0,005). Mặc dù sự phù hợp thống kê tốt nêu trên đã được ghi nhận, nhưng phép thử chi bình phương (thử nghiệm MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm Sansure Biotech có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p < 0,005). Nếu bạn đang ở đó, bạn có thể dễ dàng tìm thấy những gì bạn có thể làm để đạt được điều đó, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Công nghệ sinh học Sansure là một trong những nhà cung cấp công nghệ sinh học Sansure tốt nhất tăng lên với CRS (p < 0,005). Mặc dù sự thống nhất thống kê tốt ở trên đã được ghi nhận, nhưng thử nghiệm chi bình phương (thử nghiệm McNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm Sansure Biotech có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p < 0,005).Công nghệ sinh học Sansure 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异(p < 0,005)。công nghệ sinh học sansure 检测 结果 与 crs相比 具有 显着 ((p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。)))) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) người được bảo hiểm có giá trị (p < 0,005) đã mua Sansure Biotech và CRS. Bất chấp sự thống nhất thống kê tốt đã nêu ở trên, thử nghiệm chi bình phương (thử nghiệm McNemar) cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (p < 0,005) giữa xét nghiệm Sansure Biotech và CRS.Sáu mẫu (3,66%) được phát hiện là âm tính giả so với CRS (Bảng bổ sung 1); điều này rất quan trọng, đặc biệt là với động lực lây truyền của vi rút. Dữ liệu trên cũng hỗ trợ tỷ lệ phát hiện thấp này15.
Trong nghiên cứu này, giá trị Ct được xác định cho từng xét nghiệm và nền tảng tương ứng, với giá trị Ct trung bình thấp nhất được báo cáo trong xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2. Kết quả này có thể liên quan đến hệ thống xét nghiệm di truyền kết hợp đồng thời của Abbott để phát hiện SARS-CoV-2. Do đó, theo Hình 1, 87,6% kết quả của Abbott SARS-CoV-2 có giá trị Ct dưới 20. Chỉ một số ít kết quả mẫu (12,4%) nằm trong khoảng 20-30. Giá trị Ct trên 30 không được ghi lại. Ngoài việc Abbott sử dụng định dạng xét nghiệm di truyền bảng SARS-CoV-2, kết quả này có thể liên quan đến giới hạn phát hiện thấp hơn (32,5 bản sao RNA/mL)18, thấp hơn ba lần so với giới hạn dưới 100 bản sao RNA của công ty. /mL. ml)19.
Nghiên cứu này có một số hạn chế: thứ nhất, chúng tôi không có phương pháp tiêu chuẩn/tham khảo [chẳng hạn như tải lượng virus hoặc các xét nghiệm khác trong phòng thí nghiệm (LDA)] do thiếu nguồn lực. Thứ hai, tất cả các mẫu được sử dụng trong nghiên cứu này đều là mẫu phết mũi họng, trong khi kết quả không thể áp dụng cho các loại mẫu khác và thứ ba, cỡ mẫu của chúng tôi nhỏ.
Nghiên cứu này so sánh hiệu suất của bốn xét nghiệm rRT-PCR đối với SARS-CoV-2 bằng cách sử dụng các mẫu dịch mũi họng. Tất cả các xét nghiệm phát hiện đều có hiệu suất gần như tương đương, ngoại trừ xét nghiệm Sansure Biotech. Ngoài ra, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm Sansure Biotech so với CRS (p < 0,05). Ngoài ra, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm Sansure Biotech so với CRS (p < 0,05). Ví dụ, в тесте Sansure Biotech là một trong những công ty cung cấp dịch vụ hỗ trợ cho CRS (p < 0,05). Ngoài ra, xét nghiệm Sansure Biotech cho thấy tỷ lệ kết quả dương tính thấp so với CRS (p < 0,05).此外阳性率较低(p < 0,05)。此外阳性率较低(p < 0,05)。 Ví dụ, Sansure Biotech là một trong những công ty có khả năng đạt được mức CRS (p < 0,05). Ngoài ra, xét nghiệm Sansure Biotech có tỷ lệ dương tính thấp hơn so với CRS (p < 0,05).Phân tích của Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) về PPA, NPA và thỏa thuận tổng thể vượt quá 93,5% với cường độ Cohen Kappa của giá trị thỏa thuận là 0,925. Cuối cùng, Xét nghiệm Công nghệ sinh học Sansure (RUO) cần được xác nhận thêm để sử dụng ở Ethiopia và cần xem xét nghiên cứu bổ sung để đánh giá các tuyên bố từ từng nhà sản xuất.
Thiết kế nghiên cứu so sánh được thực hiện tại bốn cơ sở y tế ở Addis Ababa, Bệnh viện Eka Kotebe, Trung tâm Điều trị Millennium Church, Bệnh viện Zewooditu Memorial và Bệnh viện Chuyên khoa Lao St. Peter. Dữ liệu được thu thập từ ngày 1 đến ngày 31 tháng 12 năm 2020. Các cơ sở y tế cho nghiên cứu này được lựa chọn có chủ đích dựa trên số lượng ca bệnh cao và sự sẵn có của các trung tâm điều trị lớn trong thành phố. Tương tự, các thiết bị, bao gồm thiết bị PCR thời gian thực ABI 7500 và Abbott m2000, đã được chọn theo khuyến nghị của nhà sản xuất thuốc thử NAAT và bốn bộ phát hiện PCR đã được chọn cho nghiên cứu này, vì hầu hết các phòng thí nghiệm ở Ethiopia đã sử dụng ít nhất bốn người trong số họ. Xét nghiệm gen, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Sansure Biotech và xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 được thực hiện trong nghiên cứu).
Việc xét nghiệm SARS-CoV-2 được thực hiện từ ngày 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020 bằng cách sử dụng 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Thâm Quyến, Trung Quốc) từ các cá nhân đang được điều tra về COVID-19 được đề cập đến EPHI. Các mẫu mũi họng được thu thập bởi những người thu thập mẫu đã được đào tạo và gửi đến EPHI theo bộ ba gói. Trước khi phân lập axit nucleic, mỗi mẫu được gán một số nhận dạng duy nhất. Việc chiết xuất được thực hiện từ mỗi mẫu ngay khi đến bằng phương pháp chiết thủ công và tự động. Do đó, để chiết tự động Abbott m2000, 1,3 ml (bao gồm 0,8 ml thể tích chết và 0,5 ml thể tích đầu vào chiết) của mẫu được chiết từ mỗi mẫu và đưa qua Hệ thống Chuẩn bị Mẫu Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Hoa Kỳ). ) Một lô gồm 96 [92 mẫu, hai biện pháp kiểm soát phát hiện và hai biện pháp kiểm soát không phải mẫu (NTC)] đã được đưa vào quy trình tổng thể (truy xuất và phát hiện) của hai đợt SARS-CoV-2 (EUA) trong thời gian thực. khai thác mỏ. Tương tự, để trích xuất thủ công, sử dụng các mẫu tương tự (để trích xuất và khám phá tự động). Do đó, trong suốt quá trình, 140 µl mẫu đã được chia nhỏ và chiết xuất bằng cách sử dụng QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Đức) theo lô 24 mẫu (bao gồm 20 mẫu, hai mẫu đối chứng xét nghiệm và hai NTC) trong chín vòng. Dịch rửa giải được chiết xuất thủ công được khuếch đại và phát hiện bằng máy quay vòng nhiệt ABI 7500 sử dụng xét nghiệm BGI SARS-CoV-2, xét nghiệm Daan Gene và xét nghiệm Sansure Biotech.
Quá trình phân lập và tinh chế tự động RNA virus SARS-CoV-2 tuân theo nguyên tắc hạt từ tính sử dụng thuốc thử chuẩn bị mẫu DNA của Abbott. Việc vô hiệu hóa các mẫu và hòa tan các hạt virus được thực hiện bằng cách sử dụng chất tẩy có chứa guanidine isothiocyanate để làm biến tính protein và làm bất hoạt RNase. Sau đó, RNA được tách khỏi protein bằng cách tách pha rắn sử dụng silica, tức là muối guanidinium và độ pH kiềm của dung dịch đệm ly giải thúc đẩy sự liên kết của axit nucleic với silica (SiO2). Bước rửa loại bỏ các protein và mảnh vụn còn sót lại để tạo ra dung dịch trong suốt. RNA trong suốt được phân lập từ các vi hạt gốc silica bằng từ trường của thiết bị20,21. Mặt khác, việc phân lập và tinh chế RNA thủ công được thực hiện bằng phương pháp cột quay sử dụng phương pháp ly tâm thay vì giá đỡ từ tính và tách các vi hạt khỏi dung dịch rửa giải.
Thử nghiệm phát hiện SARS-CoV-2 theo thời gian thực của Abbott (Abbott Molecular, Inc.) được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất và đã nhận được EUA19,22 từ WHO và FDA. Trong quy trình này, quá trình khử hoạt tính mẫu trước khi chiết được thực hiện trong bể nước ở nhiệt độ 56°C trong 30 phút. Sau khi virus bất hoạt, quá trình chiết axit nucleic được thực hiện trên thiết bị Abbott m2000 SP từ 0,5 ml VTM bằng hệ thống chuẩn bị mẫu DNA Abbott m2000. theo nhà sản xuất. Quá trình khuếch đại và phát hiện được thực hiện bằng thiết bị Abbott m2000 RT-PCR và phát hiện kép được thực hiện đối với các gen RdRp và N. ROX) và VIC P (thuốc nhuộm độc quyền) để nhắm mục tiêu và phát hiện các biện pháp kiểm soát nội bộ, cho phép phát hiện đồng thời cả hai sản phẩm khuếch đại 19 .
Phương pháp phát hiện khuếch đại của bộ sản phẩm này dựa trên công nghệ RT-PCR một bước. Các gen ORF1a/b và N đã được Daan Gene Technology chọn làm vùng bảo tồn để phát hiện sự khuếch đại vùng mục tiêu. Các mồi cụ thể và đầu dò huỳnh quang (đầu dò gen N được dán nhãn FAM, đầu dò ORF1a/b được dán nhãn VIC) đã được thiết kế để phát hiện RNA của SARS-CoV-2 trong các mẫu. Hỗn hợp rửa giải và hỗn hợp chính cuối cùng được chuẩn bị bằng cách thêm 5 µl dung dịch rửa giải vào 20 µl hỗn hợp chính để đạt thể tích cuối cùng là 25 µl. Quá trình khuếch đại và phát hiện được thực hiện đồng thời trên thiết bị PCR thời gian thực ABI 750024.
Các gen ORF1a/b và N được phát hiện bằng Bộ chẩn đoán axit nucleic Sansure Biotech nCoV-2019 (phát hiện PCR huỳnh quang). Chuẩn bị các mẫu dò cụ thể cho từng gen mục tiêu bằng cách chọn kênh FAM cho vùng ORF1a/b và kênh ROX cho gen N. Đối với bộ xét nghiệm này, thuốc thử rửa giải và hỗn hợp chính được thêm vào như sau: chuẩn bị 30 µl thuốc thử hỗn hợp chính và 20 µl mẫu rửa giải để phát hiện/khuếch đại. PCR thời gian thực ABI 750025 được sử dụng để khuếch đại/phát hiện.
Xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 là bộ dụng cụ rRT-PCR thời gian thực huỳnh quang để chẩn đoán COVID-19. Vùng mục tiêu nằm ở vùng ORF1a/b của bộ gen SARS-CoV-2, đây là một phương pháp phát hiện gen duy nhất. Ngoài ra, gen kiểm soát nội bộ con người β-actin là gen mục tiêu được điều hòa nội bộ. Hỗn hợp gốc được chuẩn bị bằng cách trộn 20 µl thuốc thử hỗn hợp gốc và 10 µl mẫu RNA được chiết xuất trong đĩa giếng26. Một thiết bị PCR thời gian thực định lượng huỳnh quang ABI 7500 đã được sử dụng để khuếch đại và phát hiện. Tất cả quá trình khuếch đại axit nucleic, điều kiện chạy PCR cho từng xét nghiệm và giải thích kết quả đều được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất tương ứng (Bảng 3).
Trong phân tích so sánh này, chúng tôi không sử dụng phương pháp tiêu chuẩn tham chiếu để xác định phần trăm đồng ý (tích cực, tiêu cực và tổng thể) và các thông số so sánh khác cho bốn phân tích. Mỗi so sánh xét nghiệm được thực hiện với CRS, trong nghiên cứu này, CRS được đặt theo quy tắc “bất kỳ kết quả dương tính nào” và kết quả được xác định chứ không phải bằng một xét nghiệm duy nhất, chúng tôi sử dụng ít nhất hai kết quả xét nghiệm trùng khớp. Ngoài ra, trong trường hợp lây truyền Covid-19, kết quả âm tính giả còn nguy hiểm hơn kết quả dương tính giả. Do đó, để nói “dương tính” từ kết quả CRS một cách chính xác nhất có thể, ít nhất hai xét nghiệm phải dương tính, nghĩa là ít nhất một kết quả dương tính có thể đến từ xét nghiệm EUA. Do đó, trong số bốn kết quả xét nghiệm, hai hoặc nhiều kết quả xét nghiệm cho cùng một kết quả được coi là dương tính hoặc âm tính thực sự18,27.
Dữ liệu được thu thập bằng các biểu mẫu trích xuất dữ liệu có cấu trúc, nhập và phân tích dữ liệu được thực hiện bằng phần mềm thống kê Excel và SPSS phiên bản 23.0 để thống kê mô tả. Thỏa thuận phần trăm tích cực, tiêu cực và tổng thể đã được phân tích và điểm Kappa được sử dụng để xác định mức độ thỏa thuận của từng phương pháp với CRS. Giá trị Kappa được hiểu như sau: 0,01 đến 0,20 đối với đồng ý nhẹ, 0,21 đến 0,40 đối với đồng ý chung, 0,41-0,60 đối với đồng ý vừa phải, 0,61-0,80 đối với đồng ý lớn và 0,81-0,99 đối với đồng ý hoàn toàn28.
Giấy phép đạo đức được lấy từ Đại học Addis Ababa và tất cả các quy trình thử nghiệm cho nghiên cứu này đã được Hội đồng Đánh giá Đạo đức Khoa học của Viện Y tế Công cộng Ethiopia phê duyệt. Số tham chiếu của Giấy phép Đạo đức EPHI là EPHI/IRB-279-2020. Tất cả các phương pháp đều được áp dụng theo các khuyến nghị và quy định trong Hướng dẫn toàn diện quốc gia của Ethiopia về điều trị COVID-19. Ngoài ra, tất cả những người tham gia nghiên cứu đều nhận được sự đồng ý bằng văn bản trước khi tham gia nghiên cứu.
Tất cả dữ liệu thu được hoặc phân tích trong nghiên cứu này đều được đưa vào bài báo được xuất bản này. Dữ liệu hỗ trợ kết quả của nghiên cứu này được cung cấp bởi tác giả tương ứng theo yêu cầu hợp lý.
Tổ chức Y tế Thế giới. Khuyến nghị về chiến lược xét nghiệm trong phòng thí nghiệm đối với COVID-19: Hướng dẫn tạm thời, ngày 21 tháng 3 năm 2020 Số WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Chẩn đoán thông minh KI COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Thực hành toàn diện. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Chẩn đoán thông minh KI COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Thực hành toàn diện.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. và Gurgulianis, KI Chẩn đoán thông minh về COVID-19 tại khoa cấp cứu: mọi thứ trong thực tế.Muliou DS, Pantazopoulos I. và Gurgulyanis KI Chẩn đoán thông minh về COVID-19 tại các khoa cấp cứu: tích hợp từ đầu đến cuối trong thực tế. Chuyên gia Reverend Respire. thuốc. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá xét nghiệm ID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá xét nghiệm ID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL và St. George, K. Đánh giá xét nghiệm ID19 ID NOW EUA.Mitchell SL và St. George K. Đánh giá xét nghiệm ID19 ID NOW EUA. J. Lâm sàng. Vi-rút. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
AI. Phòng thí nghiệm phát hiện bệnh vi-rút Corona 2019 (Covid-19) ở người nghi ngờ mắc bệnh. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (truy cập ngày 15 tháng 8 năm 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. và cộng sự. Chẩn đoán COVID-19: Bệnh tật và Công cụ xét nghiệm. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. và cộng sự. Thành lập Trường Cao đẳng Bệnh lý học Đông, Trung và Nam Phi - Trường Bệnh học khu vực Trung Đông và Nam Phi. Châu phi. Phòng thí nghiệm J. thuốc. 9(1), 1-8 (2020).
Viện Y tế Công cộng Ethiopia, Bộ Y tế Liên bang. Chiến lược quốc gia tạm thời và hướng dẫn chẩn đoán COVID-19 trong phòng thí nghiệm. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_Covid-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (truy cập ngày 12 tháng 8 năm 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Xét nghiệm âm tính giả đối với những thách thức và tác động của việc lây nhiễm SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Xét nghiệm âm tính giả đối với những thách thức và tác động của việc lây nhiễm SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim AS Các xét nghiệm âm tính giả đối với nhiễm trùng SARS-CoV-2 và hậu quả của chúng.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim AS Các xét nghiệm âm tính giả về hành vi kích động và tác động của việc lây nhiễm SARS-CoV-2. N. eng. J. Y học. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp COVID-19 dương tính giả và âm tính giả: Chiến lược quản lý và phòng ngừa hô hấp, tiêm chủng và các quan điểm khác. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp COVID-19 dương tính giả và âm tính giả: Chiến lược quản lý và phòng ngừa hô hấp, tiêm chủng và các quan điểm khác. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация và дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả với COVID-19: chiến lược điều trị và phòng ngừa hô hấp, tiêm chủng và hướng đi phía trước.Muliu, DS và Gurgulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả với COVID-19: chiến lược phòng ngừa và điều trị hô hấp, tiêm chủng và hướng đi phía trước. Chuyên gia Reverend Respire. thuốc. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Chẩn đoán COVID-19 tại khoa cấp cứu: Thấy cây nhưng mất rừng. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Chẩn đoán COVID-19 tại khoa cấp cứu: Thấy cây nhưng mất rừng.Mouliou, DS, Ioannis, P. và Konstantinos, G. Chẩn đoán COVID-19 ở Khoa Cấp cứu: Thấy Cây, Mất Rừng.Muliou DS, Ioannis P., và Konstantinos G. Chẩn đoán COVID-19 trong phòng cấp cứu: Không đủ rừng cho cây cối. Xuất hiện. thuốc. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. và cộng sự. Xác nhận và Xác nhận Hiệu suất Phân tích và Lâm sàng của Xét nghiệm SARS-CoV-2 của Abbott RealTime. J. Lâm sàng. Vi-rút. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng gen khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi rút bằng RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng gen khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi rút bằng RT-PCR thông thường.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. và Aflatunyan, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau của bộ gen COVID-19 để phát hiện nhiễm vi rút bằng RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自Covid-19 Tôi có thể sử dụng phương pháp RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh 5 vùng di truyền khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi rút bằng RT-PCR thông thường.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. và Aflatunyan B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau trong bộ gen COVID-19 để phát hiện nhiễm vi rút bằng RT-PCR thông thường.Iran. J. Vi sinh vật. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, tôi và cộng sự. Kết quả sơ bộ của chương trình đánh giá chất lượng bên ngoài quốc gia về phát hiện trình tự bộ gen SARS-CoV-2. J. Lâm sàng. Vi-rút. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. và cộng sự. Đánh giá phân tích về hiệu quả của năm bộ dụng cụ RT-PCR đối với hội chứng hô hấp cấp tính nặng do vi-rút Corona 2. J. Lâm sàng. phòng thí nghiệm. hậu môn. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. và cộng sự. Đánh giá bảy bộ dụng cụ phát hiện RNA SARS-CoV-2 có bán trên thị trường ở Trung Quốc dựa trên phản ứng chuỗi polymerase (PCR) thời gian thực. lâm sàng. Hóa chất. phòng thí nghiệm. thuốc. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB và cộng sự. So sánh bảy bộ dụng cụ chẩn đoán RT-PCR COVID-19 thương mại. J. Lâm sàng. Vi-rút. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu và cộng sự. So sánh hiệu suất chẩn đoán của hai bộ PCR để phát hiện axit nucleic SARS-CoV-2. J. Lâm sàng. phòng thí nghiệm. hậu môn. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, v.v. Một nghiên cứu so sánh về bốn nền tảng xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (NAAT) SARS-CoV-2 cho thấy hiệu suất của ID NOW bị suy giảm đáng kể tùy thuộc vào bệnh nhân và loại mẫu. chẩn đoán. vi sinh vật học. Lây nhiễm. bất đồng quan điểm. 99(1), 115200 (2021).
Phân tử Abbott. Phụ kiện gói phân tích SARS-CoV-2 theo thời gian thực của Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Tính đến ngày 10 tháng 8 năm 2020) (2020).
Klein, S. và cộng sự. Phân lập RNA SARS-CoV-2 bằng hạt từ tính để phát hiện nhanh chóng trên quy mô lớn bằng RT-qPCR và RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).


Thời gian đăng: Dec-08-2022
Cài đặt quyền riêng tư
Quản lý sự đồng ý của cookie
Để mang lại trải nghiệm tốt nhất, chúng tôi sử dụng các công nghệ như cookie để lưu trữ và/hoặc truy cập thông tin thiết bị. Việc đồng ý với những công nghệ này sẽ cho phép chúng tôi xử lý dữ liệu như hành vi duyệt web hoặc ID duy nhất trên trang web này. Không đồng ý hoặc rút lại sự đồng ý, có thể ảnh hưởng xấu đến một số tính năng và chức năng.
✔ Đã chấp nhận
✔ Chấp nhận
Từ chối và đóng
X