Hiệu suất của bốn xét nghiệm khuếch đại axit nucleic để xác định SARS-CoV-2 ở Ethiopia

Cảm ơn bạn đã ghé thăm Nature.com. Bạn đang sử dụng phiên bản trình duyệt với hỗ trợ CSS giới hạn. Để có trải nghiệm tốt nhất, chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng trình duyệt được cập nhật (hoặc vô hiệu hóa chế độ tương thích trong Internet Explorer). Ngoài ra, để đảm bảo hỗ trợ liên tục, chúng tôi hiển thị trang web mà không có Styles và JavaScript.
Hiển thị một băng chuyền gồm ba slide cùng một lúc. Sử dụng các nút trước và tiếp theo để di chuyển qua ba slide cùng một lúc hoặc sử dụng các nút thanh trượt ở cuối để di chuyển qua ba slide cùng một lúc.
Kể từ bệnh coronavirus 2019 (Covid-19), nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới và đã trở thành các xét nghiệm tiêu chuẩn. Mặc dù một số xét nghiệm đã nhanh chóng được phát triển và áp dụng cho các xét nghiệm chẩn đoán trong phòng thí nghiệm, nhưng hiệu suất của các xét nghiệm này đã không được đánh giá trong nhiều cài đặt khác nhau. Do đó, nghiên cứu này nhằm đánh giá hiệu suất của Abbott SARS-CoV-2, DAAN Gene, BGI và Sansure Biotech Các xét nghiệm sử dụng tiêu chuẩn tham chiếu tổng hợp (CRS). Nghiên cứu được thực hiện tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) từ ngày 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020. Trong số 164 mẫu vật, 59,1% là dương tính và 40,9% là âm đối với CRS. Tích cực công nghệ sinh học Sansure thấp đáng kể so với CRS (p <0,05). Tích cực công nghệ sinh học Sansure thấp đáng kể so với CRS (p <0,05). О о Kết quả dương tính của Sansure Biotech thấp hơn đáng kể so với CRS (p <0,05).与 CRS ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 P <0,05））与 CRS ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 P <0,05）） У Sansure Biotech ы ы ы Công nghệ sinh học Sansure có kết quả dương tính ít hơn đáng kể so với CRS (p <0,05).Thỏa thuận chung của bốn phân tích là 96,3100100% so với CRS. Ngoài tỷ lệ dương tính thấp của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure, hiệu suất của bốn xét nghiệm là gần như tương đương. Như vậy, xét nghiệm Sansure Biotech [chỉ nghiên cứu (RuO)] đòi hỏi phải xác nhận bổ sung cho việc sử dụng nó ở Ethiopia. Cuối cùng, nghiên cứu bổ sung nên được xem xét để đánh giá các xét nghiệm với yêu cầu của nhà sản xuất phù hợp.
Thử nghiệm trong phòng thí nghiệm là một phần của Kế hoạch chiến lược của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) cho Chuẩn bị và Đáp ứng bệnh Coronavirus 2019 (Covid-19) (SPRP). WHO khuyên rằng các quốc gia cần xây dựng năng lực trong phòng thí nghiệm để cải thiện sự chuẩn bị, quản lý trường hợp thích hợp, cảnh giác và phản ứng nhanh chóng với các thách thức về sức khỏe cộng đồng. Điều này cho thấy vai trò của phòng thí nghiệm là chìa khóa để mô tả bệnh và dịch tễ học của các tác nhân truyền nhiễm mới nổi và kiểm soát sự lây lan của chúng.
Chẩn đoán CoVID-19 yêu cầu thông tin dịch tễ học và y tế, các triệu chứng/dấu hiệu cá nhân, và dữ liệu X quang và phòng thí nghiệm2. Kể từ khi dịch Covid-19 được báo cáo ở Vũ Hán, Trung Quốc, nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới. Phản ứng chuỗi polymerase sao chép ngược thời gian thực (RRT-PCR) đã được sử dụng như một phương pháp thường xuyên và tiêu chuẩn để chẩn đoán trong phòng thí nghiệm của nhiễm trùng đường hô hấp cấp tính nghiêm trọng 2 (SARS-CoV-2) 3. Phát hiện phân tử SARS-CoV-2 thường dựa trên N (gen protein nucleocapsid), E (gen protein phong bì) và gen RDRP (gen RNA polymerase phụ thuộc RNA) trong ORF1A/B (Khung đọc mở 1A/B). gen) vùng được xác định từ bộ gen virus. Chúng được coi là các khu vực được bảo tồn chính được tìm thấy trong bộ gen virus để nhận biết virus4. Trong số các gen này, các gen RDRP và E có độ nhạy phát hiện phân tích cao, trong khi gen N có độ nhạy phân tích thấp55.
Hiệu suất của các xét nghiệm PCR có thể thay đổi tùy thuộc vào các yếu tố khác nhau như: thuốc thử trích xuất, thuốc thử khuếch đại/phát hiện, phương pháp trích xuất, chất lượng của máy PCR và các dụng cụ khác. Kể từ tháng 4 năm 2020, hơn 48 thiết bị chẩn đoán khác nhau từ chín quốc gia đã nhận được ủy quyền sử dụng khẩn cấp (EUA) cho chẩn đoán CoVID-196. Ở Ethiopia, hơn 14 nền tảng PCR thời gian thực được sử dụng để phát hiện PCR SARS-CoV-2 tại 26 tổ chức y tế công cộng, bao gồm ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 và Quant-Studio7. Ngoài ra, các bộ dụng cụ kiểm tra PCR khác nhau có sẵn, chẳng hạn như xét nghiệm gen DAAN, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure và xét nghiệm BGI SARS-CoV-2. Mặc dù RRT-PCR rất nhạy cảm, một số bệnh nhân mắc CoVID-19 báo cáo kết quả âm tính giả do không đủ các bản sao của axit ribonucleic (RNA) trong các mẫu do thu thập, vận chuyển, lưu trữ và xử lý và thử nghiệm trong phòng thí nghiệm không đúng cách. điều kiện và hành động của nhân viên8. Ngoài ra, mẫu hoặc kiểm soát xử lý sai, cài đặt ngưỡng chu kỳ (CT) và phản ứng chéo với các axit nucleic gây bệnh khác hoặc RNA SARS-COV-2 còn lại có thể dẫn đến kết quả dương tính giả trong các xét nghiệm RRT-PCR9. Do đó, rõ ràng các xét nghiệm PCR thực sự có thể xác định các chất mang các mảnh gen, vì chúng thậm chí không thể phân biệt giữa các gen virus thực sự hoạt động, vì vậy các xét nghiệm chỉ có thể xác định người mang và không phải bệnh nhân 10. Do đó, điều quan trọng là đánh giá hiệu suất chẩn đoán bằng các phương pháp tiêu chuẩn trong cài đặt của chúng tôi. Mặc dù nhiều thuốc thử NAAT có sẵn tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) và trên toàn quốc, nhưng không có đánh giá so sánh về hiệu quả của chúng vẫn chưa được báo cáo. Do đó, nghiên cứu này nhằm đánh giá hiệu suất so sánh của các bộ dụng cụ có sẵn trên thị trường để phát hiện SARS-CoV-2 bằng RRT-PCR bằng cách sử dụng các mẫu lâm sàng.
Tổng cộng có 164 người tham gia nghi ngờ Covid-19 đã được đưa vào nghiên cứu này. Phần lớn các mẫu là từ các trung tâm điều trị (118/164 = 72%), trong khi 46 (28%) người tham gia còn lại đến từ các trung tâm không điều trị. Trong số những người tham gia không được điều trị tại trung tâm, 15 (9,1%) đã nghi ngờ về mặt lâm sàng và 31 (18,9%) có liên hệ của các trường hợp được xác nhận. Chín mươi ba (56,7%) người tham gia là nam và tuổi trung bình (± SD) của những người tham gia là 31,10 (± 11,82) năm.
Trong nghiên cứu này, tỷ lệ tích cực và âm tính của bốn thử nghiệm cho CoVID-19 đã được xác định. Do đó, tỷ lệ dương tính của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm DAAN Gene 2019-NCOV, xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-NCOV lần lượt là 59,1%, 58,5%, 57,9% và 55,5%. Điểm số tiêu chuẩn tham chiếu tổng hợp tích cực và âm (CRS) lần lượt là 97 (59,1%) và 67 (40,9%) (Bảng 1). Trong nghiên cứu này, định nghĩa về CRS dựa trên quy tắc tích cực của người Hồi giáo, theo đó trong số bốn kết quả kiểm tra, hai hoặc nhiều kết quả kiểm tra cho cùng một kết quả được coi là tích cực hoặc tiêu cực thực sự.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã tìm thấy một thỏa thuận tỷ lệ phần trăm tiêu cực (NPA) là 100% (95% CI 94.6 Từ100) cho tất cả các phân tích so với CRS. Phân tích công nghệ sinh học Sansure cho thấy PPA tối thiểu là 93,8% (95% CI 87.2-97.1) và phân tích DAAN Gene 2019-NCOV có thỏa thuận chung là 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Ngược lại, thỏa thuận tổng thể giữa xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-NCOV lần lượt là 98,8% và 96,3% (Bảng 2).
Hệ số thỏa thuận Kappa của Cohen giữa CRS và ABBOTT SARS-CoV-2 kết quả xét nghiệm hoàn toàn nhất quán (K = 1,00). Tương tự, các giá trị Kappa của Cohen được phát hiện bởi Daan Gene 2019-NCOV, SARS-CoV-2 BGI và Sansure Biotech 2019-NCOV cũng hoàn toàn phù hợp với CRS (K ≥ 0,925). Trong phân tích so sánh này, thử nghiệm Chi-vuông (thử nghiệm McNemar) cho thấy kết quả xét nghiệm Sansure Biotech 2019-NCOV khác biệt đáng kể so với kết quả CRS (P = 0,031) (Bảng 2).
Như thể hiện trong hình.1 Tỷ lệ phần trăm của giá trị CT thấp nhất (<20 CT) của xét nghiệm Abbott Sars-CoV-2 (Gen RDRP và N kết hợp) là 87,6% và ORF1A/B Giá trị CT của Sansure Biotech 2019 Ncov cho thấy tỷ lệ phần trăm của giá trị CT thấp (<20 CT) 1 Tỷ lệ phần trăm của giá trị CT thấp nhất (<20 CT) của xét nghiệm Abbott Sars-CoV-2 (Gen RDRP và N kết hợp) là 87,6% và ORF1A/B Giá trị CT của Sansure Biotech 2019 Ncov cho thấy tỷ lệ phần trăm của giá trị CT thấp (<20 CT)Như thể hiện trong hình.1, р Orf1a/b 3,2%3,2%. 1, tỷ lệ phần trăm của giá trị CT thấp nhất (<20 CT) phân tích Abbott SARS-CoV-2 (Gen kết hợp RDRP và N) là 87,6%và giá trị CT của phân tích gen ORF1A/B của giá trị CT. 3,2%.如图 1 ， Abbott SARS-CoV-2 （结合 RDRP 和 N 基因 的最低 CT 值百分比 <20 CT） 87.6%， SANSURE BIOTECH 2019 Như được hiển thị trong Hình 1, tỷ lệ phần trăm giá trị CT thấp nhất (<20 CT) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp RDRP và gen N) là 87,6%, giá trị gen ORF1A/B của phần trăm CT. Ка 87,6%87,6%, а а Như được hiển thị trong Hình 1, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp các gen RDRP và N) có giá trị CT tỷ lệ phần trăm thấp nhất (<20 CT) ở mức 87,6%, trong khi giá trị CT của gen ORF1A/B trong nghiên cứu Sansure Biotech 2019-phân tích của NcoV. (<20 CT) Tỷ lệ phần trăm của các giá trị (<20 CT) là 50,3%và tỷ lệ phần trăm của các giá trị CT cao (36 thép40 CT) là 3,2%.Bài kiểm tra Abbott Sars-CoV-2 B đã ghi lại các giá trị CT trên 30. Mặt khác, trên xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B có tỷ lệ phần trăm giá trị CT cao (> 36 CT) là 4% (Hình 1). Mặt khác, trên xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B có tỷ lệ phần trăm giá trị CT cao (> 36 CT) là 4% (Hình 1). Р р р р с с Mặt khác, trong phân tích gen BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B có giá trị CT cao (> 36 CT), tỷ lệ phần trăm là 4% (Hình 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值> 36 ct） 4%（1 Mặt khác, trong phát hiện BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ phần trăm gen ORF1A/B có giá trị CT cao (> 36 CT) là 4% (Hình 1). Р р р р с Mặt khác, trong phân tích BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ phần trăm gen ORF1A/B có giá trị CT cao (> 36 CT) là 4% (Hình 1).
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã lấy 164 mẫu mũi họng. Đối với tất cả các loại xét nghiệm, sự phân lập và khuếch đại RNA được thực hiện bằng các phương pháp và bộ dụng cụ được đề xuất bởi các nhà sản xuất tương ứng.
Nghiên cứu này đã chứng minh rằng thử nghiệm của Abbott đối với SARS-CoV-2 có hiệu suất phát hiện tương tự như CRS, với sự phù hợp tích cực, tiêu cực và tổng thể 100%. Thỏa thuận Kappa của Cohen là 1,00, cho thấy thỏa thuận đầy đủ với CRS. Một nghiên cứu tương tự của Đại học Washington ở Hoa Kỳ đã phát hiện ra rằng độ nhạy và độ đặc hiệu chung của bài kiểm tra Abbott đối với SARS-CoV-2 lần lượt là 93% và 100%, so với xét nghiệm xác định phòng thí nghiệm (LDA) của CDC. 11. Hệ thống phát hiện Abbott SARS-CoV-2 dựa trên sự phát hiện kết hợp đồng thời các gen N và RDRP, vì cả hai gen đều nhạy hơn, giảm thiểu các âm tính giả12. Một nghiên cứu ở Vienna, Áo cũng chỉ ra rằng khối lượng mẫu chiết xuất lớn và khối lượng rửa giải phát hiện giảm thiểu các hiệu ứng pha loãng và tăng hiệu quả phát hiện13. Do đó, sự phù hợp hoàn hảo của Abbott cho xét nghiệm SARS-CoV-2 có thể được liên kết với hệ thống phát hiện nền tảng đồng thời phát hiện các gen tổ hợp, trích xuất một số lượng lớn các mẫu (0,5 mL) và sử dụng một lượng lớn Eluent (40 PhaL).
Kết quả của chúng tôi cũng cho thấy hiệu suất phát hiện của xét nghiệm di truyền DAAN gần giống như CRS. Điều này phù hợp với một nghiên cứu14 được thực hiện tại Đại học Anhui ở Huanan, Trung Quốc và yêu cầu của nhà sản xuất thỏa thuận tích cực 100%. Mặc dù có báo cáo về kết quả nhất quán, một mẫu là âm tính giả sau khi kiểm tra lại cùng một rửa giải, nhưng dương tính trong các xét nghiệm Abbott Sars-CoV-2 và Sansure Biotech NCOV-2019. Điều này cho thấy rằng có thể có sự thay đổi trong kết quả trên các loại xét nghiệm khác nhau. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện ở Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm gen DAAN là khác nhau đáng kể (p <0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm của họ. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện ở Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm gen DAAN là khác nhau đáng kể (p <0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm của họ. Tôi đã, и и к л б б э э. Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả phân tích của gen Daan là khác nhau đáng kể (p <0,05) so với phân tích tham chiếu trong phòng thí nghiệm của họ.然而 ， 15 ， p <0,05）然而 在中国进行的研究中 15 ， <0,05 О с р е Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả xét nghiệm di truyền của DAAN là khác nhau đáng kể (p <0,05) so với xét nghiệm phòng thí nghiệm tham chiếu của nó.Sự khác biệt này có thể là do độ nhạy của thử nghiệm tham chiếu để phát hiện SARS-CoV-2, và các nghiên cứu tiếp theo có thể rất quan trọng để xác định nguyên nhân.
Ngoài ra, nghiên cứu của chúng tôi đã đánh giá hiệu suất so sánh của xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 với CRS, cho thấy thỏa thuận tỷ lệ phần trăm tích cực tuyệt vời (PPA = 97,9%), thỏa thuận tỷ lệ phần trăm âm (NPA = 100%) và thỏa thuận tỷ lệ phần trăm tổng thể theo giới tính (OPA). ). = 98,8%). Giá trị kappa của Cohen cho thấy thỏa thuận tốt (k = 0,975). Các nghiên cứu ở Hà Lan16 và Trung Quốc15 đã cho thấy kết quả nhất quán. Thử nghiệm BGI SARS-CoV-2 là một xét nghiệm phát hiện gen (ORF1A/B) duy nhất bằng cách sử dụng 10 khuếch đại/phát hiện. Mặc dù thỏa thuận thống kê tốt với kết quả tham khảo của chúng tôi, phân tích đã bỏ lỡ hai mẫu dương (1,22%) trong tổng số mẫu. Điều này có thể có ý nghĩa lâm sàng rất lớn đối với động lực truyền tải ở cả cấp độ bệnh nhân và cộng đồng.
Một phân tích so sánh khác bao gồm trong nghiên cứu này là xét nghiệm Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Tỷ lệ phần trăm trận đấu tổng thể là 96,3%. Sức mạnh của thỏa thuận cũng được xác định bởi giá trị kappa của Cohen, là 0,925, cho thấy thỏa thuận đầy đủ với CRS. Một lần nữa, kết quả của chúng tôi giống hệt với các nghiên cứu được thực hiện tại Đại học Trung tâm South ở Changsha, Trung Quốc và tại Khoa Phòng thí nghiệm lâm sàng của Bệnh viện Nhân dân Liuzhou, Thành phố Liuzhou, Trung Quốc17. Mặc dù sự phù hợp thống kê tốt ở trên đã được ghi lại, thử nghiệm Chi-vuông (xét nghiệm MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure đã có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p <0,005). Mặc dù sự phù hợp thống kê tốt ở trên đã được ghi lại, thử nghiệm Chi-vuông (xét nghiệm MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure đã có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p <0,005). Н ( 0,005). Mặc dù thỏa thuận thống kê tốt ở trên đã được ghi lại, thử nghiệm Chi-vuông (xét nghiệm McNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 MacNemar 检验 ， ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 P <0,005）尽管 记录 良好 ， ， 但 （（（（， ， ， ， ， ， 检测 检测 结果 crs 相比 显着 显着 （p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）） Н с Mặc dù thỏa thuận thống kê tốt được ghi nhận ở trên, thử nghiệm Chi-vuông (xét nghiệm McNemar) cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (p <0,005) giữa xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure và CRS.Sáu mẫu (3,66%) được tìm thấy là tiêu cực sai so với CRS (Bảng bổ sung 1); Điều này rất quan trọng, đặc biệt là với động lực truyền virus. Dữ liệu trên cũng hỗ trợ tỷ lệ phát hiện thấp này15.
Trong nghiên cứu này, các giá trị CT được xác định cho từng xét nghiệm và nền tảng tương ứng, với giá trị CT trung bình thấp nhất được báo cáo trong xét nghiệm Abbott Sars-CoV-2. Kết quả này có thể liên quan đến hệ thống xét nghiệm di truyền kết hợp đồng thời của Abbott để phát hiện SARS-CoV-2. Do đó, theo Hình 1, 87,6% kết quả Abbott Sars-CoV-2 có giá trị CT dưới 20. Chỉ có một số lượng nhỏ kết quả mẫu (12,4%) nằm trong phạm vi 20-30. Giá trị CT trên 30 không được ghi lại. Ngoài việc sử dụng định dạng thử nghiệm di truyền bảng SARS-CoV-2 của Abbott, kết quả này có thể liên quan đến giới hạn phát hiện thấp hơn (32,5 bản sao RNA/mL) 18, thấp hơn ba lần so với giới hạn thấp hơn của công ty là 100 bản sao RNA/mL. ml) 19.
Nghiên cứu này có một số hạn chế: Thứ nhất, chúng tôi không có phương pháp tiêu chuẩn/tham chiếu [như tải lượng virus hoặc các xét nghiệm trong phòng thí nghiệm khác (LDA)] do thiếu tài nguyên. Thứ hai, tất cả các mẫu vật được sử dụng trong nghiên cứu này là gạc vòm họng, trong khi kết quả không áp dụng cho các loại mẫu khác và thứ ba, cỡ mẫu của chúng tôi là nhỏ.
Nghiên cứu này đã so sánh hiệu suất của bốn xét nghiệm RRT-PCR cho SARS-CoV-2 bằng cách sử dụng các mẫu mũi họng. Tất cả các xét nghiệm phát hiện có hiệu suất gần như có thể so sánh, ngoại trừ xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure. Bên cạnh đó, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure so với CRS (p <0,05). Bên cạnh đó, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure so với CRS (p <0,05). Кр® т Ngoài ra, xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure cho thấy tỷ lệ kết quả dương tính thấp so với CRS (p <0,05).此外 ， 与 crs ， ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs ， ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кр® т Ngoài ra, xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure có tỷ lệ dương tính thấp hơn so với CRS (p <0,05).Phân tích Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) của PPA, NPA và thỏa thuận tổng thể đã vượt quá 93,5% với cường độ Cohen Kappa về giá trị thỏa thuận là 0,925. Cuối cùng, xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure (RUO) cần xác nhận thêm để sử dụng ở Ethiopia và nghiên cứu bổ sung nên được xem xét để đánh giá các yêu cầu từ các nhà sản xuất cá nhân.
Thiết kế nghiên cứu so sánh đã được thực hiện tại bốn cơ sở y tế tại Addis Ababa, Bệnh viện Eka Kotebe, Trung tâm điều trị nhà thờ Thiên niên kỷ, Bệnh viện Tưởng niệm Zewooditu và Bệnh viện Chuyên gia Lao St. Peter. Dữ liệu được thu thập từ ngày 1 đến 31 tháng 12 năm 2020. Các cơ sở y tế cho nghiên cứu này được chọn một cách có chủ đích dựa trên số lượng trường hợp cao và sự sẵn có của các trung tâm điều trị chính trong thành phố. Tương tự, các công cụ, bao gồm các dụng cụ PCR thời gian thực ABI 7500 và Abbott M2000, đã được chọn theo khuyến nghị của các nhà sản xuất thuốc thử NAAT và bốn bộ dụng cụ phát hiện PCR đã được chọn cho nghiên cứu này, vì hầu hết các phòng thí nghiệm ở Ethiopia được sử dụng ít nhất ít nhất bốn trong số đó. Thử nghiệm gen, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure và thử nghiệm BGI SARS-CoV-2 được thực hiện trong nghiên cứu).
Thử nghiệm cho SARS-CoV-2 được thực hiện từ 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020 bằng cách sử dụng 3 ml môi trường vận chuyển virus (VTM) (Công nghệ Miraclean, Thâm Quyến, Trung Quốc) từ các cá nhân đang điều tra Covid-19 được đề cập đến EPHI. Các mẫu mũi họng được thu thập bởi các nhà sưu tập mẫu được đào tạo và được gửi đến EPHI trong các gói ba. Trước khi phân lập axit nucleic, mỗi mẫu được gán một số nhận dạng duy nhất. Khai thác được thực hiện từ mỗi mẫu ngay khi đến bằng phương pháp trích xuất thủ công và tự động. Do đó, đối với việc chiết tự động Abbott M2000, 1,3 ml (bao gồm thể tích chết 0,8 ml và thể tích đầu vào chiết 0,5 ml) của mẫu được trích xuất từ ​​mỗi mẫu và được truyền qua hệ thống chuẩn bị mẫu DNA ABBOTT (Abbott Phân tử Inc. Des Plaines, IL, Hoa Kỳ). ) Một lô 96 [92 mẫu, hai điều khiển phát hiện và hai điều khiển không phải bảng (NTC)] đã được đưa vào quy trình tổng thể (truy xuất và phát hiện) của hai vòng SARS-CoV-2 (EUA) trong thời gian thực. Khai thác. Tương tự, để trích xuất thủ công, sử dụng các mẫu tương tự (để trích xuất và khám phá tự động). Do đó, trong suốt quá trình, 140 mẫu LAL được phân phối và trích xuất bằng bộ RNA mini QIAAMP (Qiagen GmbH, Hilden, Đức) theo lô 24 (bao gồm 20 mẫu, hai điều khiển xét nghiệm và hai NTC) trong chín vòng. Các chất giải thoát được chiết xuất thủ công được khuếch đại và được phát hiện bằng cách sử dụng máy đạp nhiệt ABI 7500 bằng cách sử dụng xét nghiệm BGI SARS-CoV-2, xét nghiệm gen DAAN và xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure.
Phân lập tự động và tinh chế RNA virus SARS-CoV-2 tuân theo nguyên tắc hạt từ tính bằng cách sử dụng thuốc thử mẫu DNA ABBOTT. Bất hoạt các mẫu và hòa tan các hạt virus được thực hiện bằng cách sử dụng chất tẩy có chứa guanidine isothiocyanate để làm biến tính protein và bất hoạt RNase. RNA sau đó được tách ra khỏi protein bằng cách tách pha rắn bằng silica, tức là muối guanidinium và pH kiềm của dung dịch đệm ly giải thúc đẩy liên kết các axit nucleic với silica (SiO2). Bước rửa sạch sẽ loại bỏ các protein và mảnh vụn còn lại để tạo ra một giải pháp rõ ràng. RNA trong suốt được phân lập từ các vi hạt dựa trên silica bằng cách sử dụng từ trường của thiết bị 20,21. Mặt khác, sự cô lập thủ công và tinh chế RNA được thực hiện bằng phương pháp cột spin bằng cách sử dụng ly tâm thay vì đứng từ tính và tách các vi hạt ra khỏi độ rửa giải.
Bài kiểm tra phát hiện SARS-CoV-2 thời gian thực Abbott (Abbott Ancecular, Inc.) đã được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất, đã nhận được EUA19,22 từ WHO và FDA. Trong giao thức này, việc bất hoạt mẫu trước khi chiết được thực hiện trong bể nước ở 56 ° C trong 30 phút. Sau khi bất hoạt virus, chiết xuất axit nucleic đã được thực hiện trên một thiết bị ABBOTT M2000 SP từ 0,5 mL VTM bằng hệ thống chuẩn bị mẫu DNA Abbott M2000. Theo nhà sản xuất. Sự khuếch đại và phát hiện được thực hiện bằng thiết bị ABBOTT M2000 RT-PCR và phát hiện kép được thực hiện cho các gen RDRP và N. ROX) và VIC P (thuốc nhuộm độc quyền) để nhắm mục tiêu và phát hiện các điều khiển nội bộ, cho phép phát hiện đồng thời cả hai sản phẩm khuếch đại 19.
Phương pháp phát hiện khuếch đại của bộ này dựa trên công nghệ RT-PCR một bước. Các gen ORF1A/B và N đã được chọn là vùng được bảo tồn bởi công nghệ gen DAAN để phát hiện sự khuếch đại vùng mục tiêu. Các mồi cụ thể và đầu dò huỳnh quang (đầu dò gen N được dán nhãn FAM, ORF1A/B được dán nhãn VIC) đã được thiết kế để phát hiện RNA SARS-CoV-2 trong các mẫu. Các hỗn hợp Eluent và Master cuối cùng đã được chuẩn bị bằng cách thêm 5 LAL của Eluent vào 20 PhaL của hỗn hợp chính vào một thể tích cuối cùng là 25 PhaL. Sự khuếch đại và phát hiện được thực hiện đồng thời trên một thiết bị PCR thời gian thực ABI 750024.
Các gen ORF1A/B và N đã được phát hiện bằng cách sử dụng bộ chẩn đoán axit nucleic Biotech Biotech-2019 (phát hiện PCR huỳnh quang). Chuẩn bị các đầu dò cụ thể cho từng gen mục tiêu bằng cách chọn kênh FAM cho vùng ORF1A/B và kênh ROX cho gen N. Đối với bộ xét nghiệm này, các thuốc thử hỗn hợp Eluent và Master được thêm vào như sau: Chuẩn bị 30 Thuốc thử Master Master Master và 20 mẫu Related để phát hiện/khuếch đại. PCR thời gian thực ABI 750025 đã được sử dụng để khuếch đại/phát hiện.
Thử nghiệm BGI SARS-CoV-2 là một bộ RRT-PCR thời gian thực huỳnh quang để chẩn đoán Covid-19. Vùng mục tiêu nằm trong vùng ORF1A/B của bộ gen SARS-CoV-2, đây là phương pháp phát hiện gen duy nhất. Ngoài ra, gen giữ nhà β-actin là một gen mục tiêu được điều chỉnh nội bộ. Hỗn hợp chính được chuẩn bị bằng cách trộn 20 PhaL của thuốc thử Master Mix và 10 PhaL của mẫu RNA được trích xuất trong một tấm tốt26. Một thiết bị PCR thời gian thực định lượng huỳnh quang ABI 7500 đã được sử dụng để khuếch đại và phát hiện. Tất cả các khuếch đại axit nucleic, điều kiện chạy PCR cho mỗi xét nghiệm và giải thích kết quả được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất tương ứng (Bảng 3).
Trong phân tích so sánh này, chúng tôi đã không sử dụng phương pháp tiêu chuẩn tham chiếu để xác định phần trăm thỏa thuận (dương, âm và tổng thể) và các tham số so sánh khác cho bốn phân tích. Mỗi so sánh thử nghiệm được thực hiện với CRS, trong nghiên cứu này, CRS được đặt ra bởi quy tắc. Bất kỳ tích cực nào và kết quả được xác định, không phải bởi một thử nghiệm duy nhất, chúng tôi đã sử dụng ít nhất hai kết quả kiểm tra phù hợp. Ngoài ra, trong trường hợp truyền Covid-19, kết quả âm tính giả nguy hiểm hơn so với kết quả dương tính giả. Do đó, để nói rằng tích cực của người Hồi giáo càng chính xác càng tốt từ kết quả CRS, ít nhất hai xét nghiệm xét nghiệm phải dương tính, có nghĩa là ít nhất một kết quả dương tính có thể đến từ xét nghiệm EUA. Do đó, trong bốn kết quả kiểm tra, hai hoặc nhiều kết quả kiểm tra cho cùng kết quả được coi là dương tính hoặc âm18,27.
Dữ liệu được thu thập bằng các hình thức trích xuất dữ liệu có cấu trúc, nhập và phân tích dữ liệu được thực hiện bằng phần mềm thống kê Excel và SPSS phiên bản 23.0 cho thống kê mô tả. Thỏa thuận phần trăm tích cực, tiêu cực và tổng thể đã được phân tích và điểm Kappa được sử dụng để xác định mức độ thỏa thuận của từng phương pháp với CRS. Các giá trị kappa được giải thích như sau: 0,01 đến 0,20 cho thỏa thuận nhẹ, 0,21 đến 0,40 cho thỏa thuận chung, 0,41-0,60 cho thỏa thuận vừa phải, 0,61-0,80 cho thỏa thuận chính và 0,81-0,99 cho thỏa thuận hoàn chỉnh28.
Giải phóng mặt bằng đạo đức được lấy từ Đại học Addis Ababa và tất cả các giao thức thử nghiệm cho nghiên cứu này đã được phê duyệt bởi Ủy ban đánh giá đạo đức khoa học của Viện Y tế Công cộng Ethiopia. Số tham chiếu cho Giấy phép Đạo đức EPHI là EPHI/IRB-279-2020. Tất cả các phương pháp đã được áp dụng theo các khuyến nghị và quy định của các hướng dẫn toàn diện quốc gia của Ethiopia để điều trị Covid-19. Ngoài ra, sự đồng ý bằng văn bản đã được lấy từ tất cả những người tham gia nghiên cứu trước khi tham gia vào nghiên cứu.
Tất cả dữ liệu thu được hoặc phân tích trong nghiên cứu này được bao gồm trong bài viết được xuất bản này. Dữ liệu hỗ trợ kết quả của nghiên cứu này có sẵn từ tác giả tương ứng theo yêu cầu hợp lý.
Tổ chức Y tế Thế giới. Khuyến nghị cho các chiến lược thử nghiệm trong phòng thí nghiệm cho CoVID-19: Hướng dẫn tạm thời, ngày 21 tháng 3 năm 2020 Số WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Chẩn đoán thông minh trong khoa cấp cứu: tất cả trong thực tế. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Chẩn đoán thông minh trong khoa cấp cứu: tất cả trong thực tế.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. và Gurgulianis, Chẩn đoán thông minh KI của Covid-19 trong khoa cấp cứu: mọi thứ trong thực tế.Muliou DS, Pantazopoulos I. và Gurgulyanis KI Chẩn đoán thông minh Covid-19 trong các khoa cấp cứu: Tích hợp từ đầu đến cuối trong thực tế. Chuyên gia tôn kính hô hấp. thuốc. 3, 263 bóng272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá ID Covid19 Now EUA. Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá ID Covid19 Now EUA.Mitchell, SL và St. George, K. Đánh giá ID Covid19 Now EUA.Mitchell SL và St. George K. Đánh giá của ID Covid19 Now EUA. J. lâm sàng. Vi-rút. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
AI. Phát hiện phòng thí nghiệm của bệnh coronavirus 2019 (Covid-19) trong nghi ngờ bệnh ở người. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (truy cập ngày 15 tháng 8 năm 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Chẩn đoán Covid-19: Bệnh và công cụ xét nghiệm. ACS Nano 14 (4), 3822 Từ3835 (2020).
Syed S. et al. Thành lập Đại học Các nhà nghiên cứu bệnh học ở miền đông, Trung và Nam Phi - Trường Bệnh lý khu vực của Trung Đông và Nam Phi. Châu phi. J. Phòng thí nghiệm. thuốc. 9 (1), 1-8 (2020).
Viện Y tế Công cộng Ethiopia, Bộ Y tế Liên bang. Chiến lược quốc gia tạm thời và hướng dẫn chẩn đoán phòng thí nghiệm của Covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (truy cập ngày 12 tháng 8 năm 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, như các xét nghiệm âm tính giả cho các thách thức và ý nghĩa nhiễm trùng SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, như các xét nghiệm âm tính giả cho các thách thức và ý nghĩa nhiễm trùng SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim là các xét nghiệm âm tính giả cho nhiễm trùng SARS-CoV-2 và hậu quả của chúng.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim là các xét nghiệm âm tính giả để khiêu khích và tác động của nhiễm trùng SARS-CoV-2. N. Eng. J. Y khoa. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính và âm tính giả và các chiến lược phòng chống hô hấp, tiêm chủng và quan điểm hơn nữa. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính và âm tính giả và các chiến lược phòng chống hô hấp, tiêm chủng và quan điểm hơn nữa. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki вац Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính và âm tính giả của CoVID-19: Chiến lược điều trị và phòng ngừa hô hấp, tiêm chủng và con đường phía trước.Muliu, DS và Gurgulianis, KI Các trường hợp dương tính và âm tính giả của CoVID-19: Chiến lược phòng ngừa và điều trị hô hấp, tiêm chủng và con đường phía trước. Chuyên gia tôn kính hô hấp. thuốc. 15 (8), 993 Từ1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Chẩn đoán trong khoa cấp cứu: nhìn thấy cây nhưng mất rừng. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Chẩn đoán trong khoa cấp cứu: nhìn thấy cây nhưng mất rừng.Mouliou, DS, Ioannis, P. và Konstantinos, G. Covid-19 Chẩn đoán trong khoa cấp cứu: Xem cây, mất rừng.Muliou DS, Ioannis P., và Konstantinos G. Covid-19 Chẩn đoán trong phòng cấp cứu: Không đủ rừng cho cây. Xuất hiện. thuốc. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Xác nhận và xác nhận hiệu suất phân tích và lâm sàng của xét nghiệm SARS-COV-2 thời gian thực Abbott. J. lâm sàng. Vi-rút. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Keoestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ vùng genome khác nhau của Covid-19 để phát hiện nhiễm virus bằng RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Keoestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng genome khác nhau của CoVID-19 để phát hiện nhiễm virus bằng RT-PCR thông thường.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. và Aflatunyan, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau của bộ gen covid-19 để phát hiện nhiễm virus bằng RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neoestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh 5 vùng di truyền khác nhau của Covid-19 để phát hiện nhiễm virus bằng RT-PCR thông thường.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. và Aflatunyan B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau của bộ gen Covid-19 để phát hiện nhiễm virus bằng RT-PCR thông thường.Iran. J. Vi sinh vật. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Kết quả sơ bộ của chương trình đánh giá chất lượng bên ngoài quốc gia để phát hiện các chuỗi bộ gen SARS-CoV-2. J. lâm sàng. Vi-rút. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Đánh giá phân tích về hiệu quả của năm bộ dụng cụ RT-PCR đối với hội chứng hô hấp cấp tính nghiêm trọng 2 coronavirus 2. J. lâm sàng. phòng thí nghiệm. Hậu môn. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Đánh giá bảy bộ dụng cụ phát hiện RNA SARS-CoV-2 có bán trên thị trường ở Trung Quốc dựa trên phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực (PCR). lâm sàng. Hóa chất. phòng thí nghiệm. thuốc. 58 (9), E149, E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. So sánh bảy bộ dụng cụ chẩn đoán RT-PCR Covid-19 thương mại. J. lâm sàng. Vi-rút. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. So sánh hiệu suất chẩn đoán của hai bộ dụng cụ PCR để phát hiện các axit nucleic SARS-CoV-2. J. lâm sàng. phòng thí nghiệm. Hậu môn. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, v.v ... Một nghiên cứu so sánh về bốn nền tảng xét nghiệm khuếch đại axit nucleic SARS-CoV-2 (NAAT) cho thấy rằng hiệu suất ID bây giờ bị suy giảm đáng kể tùy thuộc vào loại bệnh nhân và mẫu. chẩn đoán. Vi sinh vật. Lây nhiễm. Diss. 99 (1), 115200 (2021).
Phân tử Abbott. Abbott Chèn gói phân tích SARS-CoV-2 thời gian thực. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Kể từ ngày 10 tháng 8 năm 2020) (2020).
Klein, S. et al. Phân lập RNA SARS-CoV-2 bằng cách sử dụng các hạt từ tính để phát hiện quy mô lớn nhanh chóng bằng RT-QPCR và RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).