Thực hiện bốn xét nghiệm khuếch đại axit nucleic để xác định SARS-CoV-2 ở Ethiopia

Cảm ơn bạn đã truy cập Nature.com. Bạn đang sử dụng phiên bản trình duyệt có hỗ trợ CSS hạn chế. Để có trải nghiệm tốt nhất, chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng trình duyệt đã cập nhật (hoặc tắt Chế độ tương thích trong Internet Explorer). Ngoài ra, để đảm bảo hỗ trợ liên tục, chúng tôi hiển thị trang web không có kiểu dáng và JavaScript.
Hiển thị một vòng quay gồm ba slide cùng một lúc. Sử dụng các nút Trước và Tiếp theo để di chuyển qua ba slide cùng một lúc hoặc sử dụng các nút thanh trượt ở cuối để di chuyển qua ba slide cùng một lúc.
Kể từ khi dịch bệnh do vi-rút corona năm 2019 (COVID-19) bùng phát, nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới và trở thành xét nghiệm tiêu chuẩn. Mặc dù một số xét nghiệm đã được phát triển nhanh chóng và áp dụng vào các xét nghiệm chẩn đoán trong phòng thí nghiệm, nhưng hiệu suất của các xét nghiệm này vẫn chưa được đánh giá trong nhiều bối cảnh khác nhau. Do đó, nghiên cứu này nhằm mục đích đánh giá hiệu suất của các xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI và Sansure Biotech bằng cách sử dụng Chuẩn tham chiếu tổng hợp (CRS). Nghiên cứu được tiến hành tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) từ ngày 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020. 164 mẫu dịch mũi họng đã được chiết xuất bằng bộ dụng cụ mini QIAamp RNA và hệ thống chuẩn bị mẫu Abbott DNA. Trong số 164 mẫu, 59,1% dương tính và 40,9% âm tính với CRS. Tỷ lệ dương tính với Sansure Biotech thấp đáng kể so với CRS (p < 0,05). Tỷ lệ dương tính với Sansure Biotech thấp đáng kể so với CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech được đánh giá cao về chỉ số CRS (p < 0,05). Kết quả tích cực của Sansure Biotech thấp hơn đáng kể so với CRS (p < 0,05).与CRS 相比, Công nghệ sinh học Sansure 的阳性率显着较低（p < 0,05)。与CRS 相比, Công nghệ sinh học Sansure 的阳性率显着较低（p < 0,05)。 У Sansure Biotech được đánh giá cao về khả năng đạt được CRS (p < 0,05). Sansure Biotech có ít kết quả dương tính hơn đáng kể so với CRS (p < 0,05).Sự đồng thuận chung của bốn phân tích là 96,3–100% so với CRS. Ngoài tỷ lệ dương tính thấp của xét nghiệm Sansure Biotech, hiệu suất của bốn xét nghiệm gần như tương đương. Do đó, xét nghiệm Sansure Biotech [Chỉ nghiên cứu (RUO)] cần được xác nhận thêm để sử dụng ở Ethiopia. Cuối cùng, cần xem xét thêm nghiên cứu để đánh giá các xét nghiệm có tuyên bố phù hợp của nhà sản xuất.
Xét nghiệm trong phòng thí nghiệm là một phần của Kế hoạch Chiến lược của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) về Phòng ngừa và Ứng phó với Bệnh do Vi-rút Corona 2019 (COVID-19) (SPRP). WHO khuyến cáo rằng các quốc gia cần xây dựng năng lực phòng thí nghiệm để cải thiện khả năng phòng ngừa, quản lý ca bệnh phù hợp, cảnh giác và ứng phó nhanh với các thách thức về sức khỏe cộng đồng. Điều này cho thấy vai trò của phòng thí nghiệm là chìa khóa để mô tả bệnh tật và dịch tễ học của các tác nhân truyền nhiễm mới nổi và kiểm soát sự lây lan của chúng.
Chẩn đoán COVID-19 đòi hỏi thông tin dịch tễ học và y tế, các triệu chứng/dấu hiệu cá nhân và dữ liệu chụp X quang và xét nghiệm2. Kể từ khi dịch COVID-19 được báo cáo ở Vũ Hán, Trung Quốc, nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới. Phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược thời gian thực (rRT-PCR) đã được sử dụng như một phương pháp thường quy và tiêu chuẩn để chẩn đoán trong phòng thí nghiệm về nhiễm trùng hội chứng hô hấp cấp tính nặng 2 (SARS-CoV-2)3. Phát hiện phân tử của SARS-CoV-2 thường dựa trên các gen N (gen protein nucleocapsid), E (gen protein vỏ) và RdRp (gen polymerase RNA phụ thuộc RNA) trong vùng ORF1a/b (khung đọc mở 1a/b). gen) được xác định từ bộ gen vi-rút. Chúng được coi là các vùng bảo tồn chính được tìm thấy trong bộ gen vi-rút để nhận dạng vi-rút4. Trong số các gen này, gen RdRp và E có độ nhạy phát hiện phân tích cao, trong khi gen N có độ nhạy phân tích thấp5.
Hiệu suất của xét nghiệm PCR có thể thay đổi tùy thuộc vào nhiều yếu tố như: thuốc thử chiết xuất, thuốc thử khuếch đại/phát hiện, phương pháp chiết xuất, chất lượng máy PCR và các thiết bị khác. Tính đến tháng 4 năm 2020, hơn 48 thiết bị chẩn đoán khác nhau từ chín quốc gia đã nhận được Giấy phép sử dụng khẩn cấp (EUA) để chẩn đoán COVID-196. Tại Ethiopia, hơn 14 nền tảng PCR thời gian thực được sử dụng để phát hiện PCR SARS-CoV-2 tại 26 cơ sở y tế công cộng, bao gồm ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 và Quant-studio7. Ngoài ra, còn có nhiều bộ dụng cụ xét nghiệm PCR khác nhau, chẳng hạn như xét nghiệm Daan Gene, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Sansure Biotech và xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI. Mặc dù rRT-PCR có độ nhạy cao, một số bệnh nhân mắc COVID-19 báo cáo kết quả âm tính giả do không đủ bản sao axit ribonucleic (RNA) của vi-rút trong mẫu do thu thập, vận chuyển, lưu trữ và xử lý không đúng cách, cũng như xét nghiệm trong phòng thí nghiệm. điều kiện và hành động của nhân viên8. Ngoài ra, việc xử lý mẫu hoặc đối chứng không đúng cách, thiết lập ngưỡng chu kỳ (Ct) và phản ứng chéo với các axit nucleic gây bệnh khác hoặc RNA SARS-CoV-2 không hoạt động/còn sót lại có thể dẫn đến kết quả dương tính giả trong xét nghiệm rRT-PCR9. Do đó, rõ ràng là xét nghiệm PCR thực sự có thể xác định người mang các đoạn gen, vì chúng thậm chí không thể phân biệt giữa các gen vi-rút thực sự hoạt động, do đó các xét nghiệm chỉ có thể xác định người mang chứ không phải bệnh nhân10. Do đó, điều quan trọng là phải đánh giá hiệu suất chẩn đoán bằng các phương pháp tiêu chuẩn trong bối cảnh của chúng tôi. Mặc dù nhiều thuốc thử NAAT có sẵn tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) và trên khắp cả nước, nhưng vẫn chưa có đánh giá so sánh nào về hiệu quả của chúng được báo cáo. Do đó, nghiên cứu này nhằm mục đích đánh giá hiệu suất so sánh của các bộ dụng cụ có sẵn trên thị trường để phát hiện SARS-CoV-2 bằng rRT-PCR sử dụng các mẫu lâm sàng.
Tổng cộng có 164 người tham gia nghi ngờ mắc COVID-19 được đưa vào nghiên cứu này. Phần lớn các mẫu đến từ các trung tâm điều trị (118/164 = 72%), trong khi 46 (28%) người tham gia còn lại đến từ các trung tâm không điều trị. Trong số những người tham gia không được điều trị tại trung tâm, 15 (9,1%) có các trường hợp nghi ngờ lâm sàng và 31 (18,9%) có tiếp xúc với các trường hợp đã được xác nhận. Chín mươi ba (56,7%) người tham gia là nam giới và độ tuổi trung bình (± SD) của những người tham gia là 31,10 (± 11,82) tuổi.
Trong nghiên cứu này, tỷ lệ dương tính và âm tính của bốn xét nghiệm COVID-19 đã được xác định. Do đó, tỷ lệ dương tính của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Daan Gene 2019-nCoV, xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV lần lượt là 59,1%, 58,5%, 57,9% và 55,5%. Điểm chuẩn tham chiếu tổng hợp (CRS) dương tính và âm tính lần lượt là 97 (59,1%) và 67 (40,9%) (Bảng 1). Trong nghiên cứu này, định nghĩa về CRS dựa trên quy tắc "bất kỳ kết quả dương tính nào", theo đó trong bốn kết quả xét nghiệm, hai hoặc nhiều kết quả xét nghiệm cho cùng một kết quả được coi là dương tính hoặc âm tính thực sự.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi tìm thấy tỷ lệ phần trăm đồng thuận âm tính (NPA) là 100% (95% CI 94,6–100) cho tất cả các phân tích so với CRS. Phân tích Sansure Biotechnology cho thấy PPA tối thiểu là 93,8% (95% CI 87,2-97,1) và phân tích Daan Gene 2019-nCoV có tỷ lệ đồng thuận chung là 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Ngược lại, tỷ lệ đồng thuận chung giữa xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV lần lượt là 98,8% và 96,3% (Bảng 2).
Hệ số kappa Cohen về sự đồng thuận giữa CRS và kết quả xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 hoàn toàn nhất quán (K = 1,00). Tương tự, các giá trị kappa Cohen được phát hiện bởi Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI và Sansure Biotech 2019-nCoV cũng hoàn toàn nhất quán với CRS (K ≥ 0,925). Trong phân tích so sánh này, kiểm định chi bình phương (kiểm định McNemar) cho thấy kết quả xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV khác biệt đáng kể so với kết quả CRS (p = 0,031) (Bảng 2).
Như thể hiện trong Hình.1 tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp RdRp và gen N) là 87,6% và giá trị Ct gen ORF1a/b của xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp (< 20 Ct) là 50,3% và giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%. 1 tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp RdRp và gen N) là 87,6% và giá trị Ct gen ORF1a/b của xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp (< 20 Ct) là 50,3% và giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%.Như thể hiện trong Hình.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) và Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) đạt 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Công nghệ sinh học Sansure 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) tăng 50,3%, và tăng 3,2%. 1, tỷ lệ phần trăm giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) phân tích của Abbott SARS-CoV-2 (gen kết hợp RdRp và N) là 87,6%, và giá trị Ct của phân tích gen ORF1a/b của Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy tỷ lệ giá trị Ct thấp (< 20 Ct) chiếm 50,3%, giá trị Ct cao (36–40 Ct) chiếm 3,2%.如图1 所示,Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct)为87,6%,Sansure Biotech 2019-nCoV检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%,高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3,2%。 Như thể hiện trong Hình 1, giá trị Ct phần trăm thấp nhất (< 20 Ct) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp gen RdRp và N) là 87,6%, giá trị Ct gen ORF1a/b của xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy giá trị Ct值(< 20 Ct) 的 thấp là 50,3%, giá trị Ct值(36–40 Ct) 的 là 3,2%. Ví dụ: Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) và một số người đã xác nhận về việc cung cấp cho значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Như thể hiện trong Hình 1, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp gen RdRp và N) có giá trị Ct phần trăm thấp nhất (< 20 Ct) ở mức 87,6%, trong khi giá trị Ct của gen ORF1a/b trong nghiên cứu Sansure Biotech 2019 – Phân tích nCoV cho thấy Ct thấp. Tỷ lệ phần trăm (< 20 Ct) là 50,3%, và tỷ lệ phần trăm là 3,2%. Tỷ lệ giá trị (< 20 Ct) là 50,3% và tỷ lệ giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%.Xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 B ghi nhận giá trị Ct trên 30. Mặt khác, trên xét nghiệm BGI SARS-CoV-2, gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (> 36 Ct) với tỷ lệ phần trăm là 4% (Hình 1). Mặt khác, trên xét nghiệm BGI SARS-CoV-2, gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (> 36 Ct) với tỷ lệ phần trăm là 4% (Hình 1). Theo ông, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), tỷ lệ которого составлял 4% (tr. 1). Mặt khác, trong phân tích gen BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b có giá trị Ct cao (> 36 Ct), tỷ lệ này là 4% (Hình 1).另一方面,在BGI SARS-CoV-2 检测中,ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct)的百分比为4%（图1）。 Mặt khác, trong phát hiện BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (>36 Ct) là 4% (Hình 1). Theo ông, в анализе BGI SARS-CoV-2 đã đạt được mức tăng trưởng ORF1a/b là высокими значениями Ct (>36 Ct) đạt 4% (рис. 1). Mặt khác, trong phân tích BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (>36 Ct) là 4% (Hình 1).
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã lấy 164 mẫu dịch mũi họng. Đối với tất cả các loại xét nghiệm, việc phân lập và khuếch đại RNA được thực hiện bằng các phương pháp và bộ dụng cụ do các nhà sản xuất tương ứng khuyến nghị.
Nghiên cứu này chứng minh rằng xét nghiệm Abbott đối với SARS-CoV-2 có hiệu suất phát hiện tương tự như CRS, với 100% dương tính, âm tính và sự nhất quán chung. Hệ số đồng thuận kappa của Cohen là 1,00, cho thấy sự đồng thuận hoàn toàn với CRS. Một nghiên cứu tương tự của Đại học Washington tại Hoa Kỳ cho thấy độ nhạy và độ đặc hiệu chung của xét nghiệm Abbott đối với SARS-CoV-2 lần lượt là 93% và 100%, so với xét nghiệm xác định trong phòng thí nghiệm (LDA) của CDC. 11. Hệ thống phát hiện Abbott SARS-CoV-2 dựa trên khả năng phát hiện kết hợp đồng thời các gen N và RdRp, vì cả hai gen đều nhạy hơn, giúp giảm thiểu kết quả âm tính giả12. Một nghiên cứu ở Vienna, Áo cũng cho thấy rằng thể tích mẫu chiết xuất lớn và thể tích dung môi phát hiện giúp giảm thiểu hiệu ứng pha loãng và tăng hiệu quả phát hiện13. Do đó, sự kết hợp hoàn hảo của Abbott đối với xét nghiệm SARS-CoV-2 có thể được liên kết với hệ thống phát hiện nền tảng có thể phát hiện đồng thời các gen tổ hợp, chiết xuất một số lượng lớn mẫu (0,5 ml) và sử dụng một lượng lớn chất rửa giải (40 µl).
Kết quả của chúng tôi cũng cho thấy hiệu suất phát hiện của xét nghiệm di truyền Daan gần giống với CRS. Điều này phù hợp với một nghiên cứu14 được tiến hành tại Đại học An Huy ở Hoài Nam, Trung Quốc và tuyên bố của nhà sản xuất về sự đồng thuận tích cực 100%. Mặc dù có báo cáo về kết quả nhất quán, một mẫu cho kết quả âm tính giả sau khi xét nghiệm lại cùng một chất rửa giải, nhưng lại cho kết quả dương tính trong xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 và Sansure Biotech nCoV-2019. Điều này cho thấy có thể có sự thay đổi trong kết quả giữa các loại xét nghiệm khác nhau. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện tại Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm Daan Gene lại khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm xác định. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện tại Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm Daan Gene lại khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm xác định. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от và лабораторного эталонного alaika. Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả phân tích của Daan Gene lại khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với phân tích tham chiếu trong phòng thí nghiệm của họ.然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05)。然而,在中国进行的研究中15,大安基因检测Bạn có thể làm được điều đó không? <0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его đó là một điều tuyệt vời. Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả xét nghiệm di truyền của Daan lại khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với xét nghiệm trong phòng thí nghiệm tham chiếu.Sự khác biệt này có thể là do độ nhạy của xét nghiệm tham chiếu trong việc phát hiện SARS-CoV-2 và các nghiên cứu sâu hơn có thể quan trọng để xác định nguyên nhân.
Ngoài ra, nghiên cứu của chúng tôi đã đánh giá hiệu suất so sánh của xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI với CRS, cho thấy sự đồng thuận phần trăm dương tính tuyệt vời (PPA = 97,9%), sự đồng thuận phần trăm âm tính (NPA = 100%) và sự đồng thuận phần trăm tổng thể theo giới tính (OPA). = 98,8%). Giá trị Kappa của Cohen cho thấy sự đồng thuận tốt (K = 0,975). Các nghiên cứu ở Hà Lan16 và Trung Quốc15 đã cho thấy kết quả nhất quán. Xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI là xét nghiệm phát hiện gen đơn (ORF1a/b) sử dụng 10 µl dịch rửa khuếch đại/phát hiện. Mặc dù có sự đồng thuận thống kê tốt với kết quả tham chiếu của chúng tôi, nhưng phân tích đã bỏ sót hai mẫu dương tính (1,22%) trong tổng số mẫu. Điều này có thể có ý nghĩa lâm sàng rất lớn đối với động lực lây truyền ở cả cấp độ bệnh nhân và cộng đồng.
Một phân tích so sánh khác được đưa vào nghiên cứu này là xét nghiệm Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); tỷ lệ khớp chung là 96,3%. Độ mạnh của sự đồng thuận cũng được xác định bằng giá trị Cohen's Kappa, là 0,925, cho thấy sự đồng thuận hoàn toàn với CRS. Một lần nữa, kết quả của chúng tôi giống hệt với các nghiên cứu được tiến hành tại Đại học Trung Nam ở Trường Sa, Trung Quốc và tại Khoa Xét nghiệm Lâm sàng của Bệnh viện Nhân dân Liễu Châu, Thành phố Liễu Châu, Trung Quốc17. Mặc dù sự nhất quán thống kê tốt ở trên đã được ghi nhận, nhưng kiểm định chi bình phương (kiểm định MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm Sansure Biotech có sự khác biệt đáng kể về mặt thống kê so với CRS (p < 0,005). Mặc dù sự nhất quán thống kê tốt ở trên đã được ghi nhận, nhưng kiểm định chi bình phương (kiểm định MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm Sansure Biotech có sự khác biệt đáng kể về mặt thống kê so với CRS (p < 0,005). Nếu bạn đang ở đó, bạn có thể dễ dàng tìm thấy những gì bạn có thể làm để đạt được điều đó, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) Ví dụ, bạn có thể sử dụng Sansure Biotech để đạt được CRS (p < 0,005). Mặc dù ghi nhận sự thống nhất thống kê tốt ở trên, nhưng kiểm định chi bình phương (kiểm định McNemar) cho thấy kết quả xét nghiệm Sansure Biotech có sự khác biệt đáng kể về mặt thống kê so với CRS (p < 0,005).Công nghệ sinh học Sansure 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异(p < 0,005)。công nghệ sinh học sansure 检测 结果 与 crs相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）)）) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech và CRS. Bất chấp sự thống nhất thống kê tốt được ghi chú ở trên, kiểm định chi bình phương (kiểm định McNemar) cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (p < 0,005) giữa xét nghiệm Sansure Biotech và CRS.Sáu mẫu (3,66%) được phát hiện là âm tính giả so với CRS (Bảng bổ sung 1); điều này rất quan trọng, đặc biệt là khi xét đến động lực lây truyền của vi-rút. Dữ liệu trên cũng hỗ trợ tỷ lệ phát hiện thấp này15.
Trong nghiên cứu này, các giá trị Ct đã được xác định cho từng xét nghiệm và nền tảng tương ứng, với giá trị Ct trung bình thấp nhất được báo cáo trong xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2. Kết quả này có thể liên quan đến hệ thống xét nghiệm di truyền kết hợp đồng thời của Abbott để phát hiện SARS-CoV-2. Do đó, theo Hình 1, 87,6% kết quả Abbott SARS-CoV-2 có giá trị Ct dưới 20. Chỉ một số ít kết quả mẫu (12,4%) nằm trong khoảng 20-30. Các giá trị Ct trên 30 không được ghi nhận. Ngoài việc Abbott sử dụng định dạng xét nghiệm di truyền bảng SARS-CoV-2, kết quả này có thể liên quan đến giới hạn phát hiện thấp hơn (32,5 bản sao RNA/mL)18, thấp hơn ba lần so với giới hạn dưới của công ty là 100 bản sao RNA/mL. ml)19.
Nghiên cứu này có một số hạn chế: thứ nhất, chúng tôi không có phương pháp chuẩn/tham chiếu [như tải lượng vi-rút hoặc các xét nghiệm trong phòng thí nghiệm khác (LDA)] do thiếu nguồn lực. Thứ hai, tất cả các mẫu được sử dụng trong nghiên cứu này đều là tăm bông mũi họng, trong khi kết quả không áp dụng được cho các loại mẫu khác và thứ ba, quy mô mẫu của chúng tôi nhỏ.
Nghiên cứu này so sánh hiệu suất của bốn xét nghiệm rRT-PCR đối với SARS-CoV-2 sử dụng mẫu dịch mũi họng. Tất cả các xét nghiệm phát hiện đều có hiệu suất gần như tương đương, ngoại trừ xét nghiệm Sansure Biotech. Bên cạnh đó, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm Sansure Biotech so với CRS (p < 0,05). Bên cạnh đó, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm Sansure Biotech so với CRS (p < 0,05). Ví dụ, в тесте Sansure Biotech là một trong những công ty cung cấp dịch vụ hỗ trợ cho CRS (p < 0,05). Ngoài ra, xét nghiệm Sansure Biotech cho thấy tỷ lệ kết quả dương tính thấp so với CRS (p < 0,05).此外阳性率较低(p < 0,05)。此外阳性率较低(p < 0,05)。 Ví dụ, Sansure Biotech là một trong những công ty có khả năng đạt được mức CRS (p < 0,05). Ngoài ra, xét nghiệm Sansure Biotech có tỷ lệ dương tính thấp hơn so với CRS (p < 0,05).Phân tích PPA, NPA và sự đồng thuận chung của Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) vượt quá 93,5% với giá trị độ mạnh đồng thuận Cohen Kappa là 0,925. Cuối cùng, Xét nghiệm Sansure Biotech (RUO) cần được xác nhận thêm để sử dụng ở Ethiopia và cần xem xét thêm nghiên cứu để đánh giá các tuyên bố từ từng nhà sản xuất.
Thiết kế nghiên cứu so sánh được tiến hành tại bốn cơ sở y tế ở Addis Ababa, Bệnh viện Eka Kotebe, Trung tâm điều trị Nhà thờ Thiên niên kỷ, Bệnh viện tưởng niệm Zewooditu và Bệnh viện chuyên khoa lao St. Peter. Dữ liệu được thu thập từ ngày 1 đến ngày 31 tháng 12 năm 2020. Các cơ sở y tế cho nghiên cứu này được lựa chọn có chủ đích dựa trên số lượng ca bệnh cao và sự sẵn có của các trung tâm điều trị lớn trong thành phố. Tương tự như vậy, các thiết bị, bao gồm các thiết bị PCR thời gian thực ABI 7500 và Abbott m2000, đã được lựa chọn theo khuyến nghị của các nhà sản xuất thuốc thử NAAT và bốn bộ dụng cụ phát hiện PCR đã được chọn cho nghiên cứu này, vì hầu hết các phòng thí nghiệm ở Ethiopia đều sử dụng ít nhất bốn trong số chúng. Xét nghiệm gen, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Sansure Biotech và xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI được thực hiện trong quá trình nghiên cứu).
Xét nghiệm SARS-CoV-2 được thực hiện từ ngày 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020 bằng cách sử dụng 3 ml Môi trường vận chuyển virus (VTM) (Công nghệ Miraclean, Thâm Quyến, Trung Quốc) từ những cá nhân đang được điều tra về COVID-19 được chuyển đến EPHI. Các mẫu dịch mũi họng được thu thập bởi những người thu thập mẫu được đào tạo và gửi đến EPHI theo gói ba. Trước khi phân lập axit nucleic, mỗi mẫu được chỉ định một số nhận dạng duy nhất. Việc chiết xuất được thực hiện từ mỗi mẫu ngay khi đến bằng phương pháp chiết xuất thủ công và tự động. Do đó, đối với quá trình chiết xuất tự động Abbott m2000, 1,3 ml (bao gồm 0,8 ml thể tích chết và 0,5 ml thể tích đầu vào chiết xuất) của mẫu được chiết xuất từ ​​mỗi mẫu và đưa qua Hệ thống chuẩn bị mẫu DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Hoa Kỳ). ) Một lô 96 [92 mẫu, hai đối chứng phát hiện và hai đối chứng không phải mẫu (NTC)] đã được đưa vào quy trình tổng thể (thu thập và phát hiện) của hai vòng SARS-CoV-2 (EUA) theo thời gian thực. khai thác. Tương tự như vậy, đối với quá trình chiết xuất thủ công, hãy sử dụng cùng một mẫu (để chiết xuất và phát hiện tự động). Do đó, trong suốt quá trình, 140 µl mẫu đã được chia nhỏ và chiết xuất bằng Bộ dụng cụ QIAamp Viral RNA Mini (QIAGEN GmbH, Hilden, Đức) thành các lô 24 (bao gồm 20 mẫu, hai đối chứng thử nghiệm và hai NTC) trong chín vòng. Các dịch chiết xuất thủ công đã được khuếch đại và phát hiện bằng máy luân nhiệt ABI 7500 sử dụng xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI, xét nghiệm Daan Gene và xét nghiệm Sansure Biotech.
Phân lập và tinh chế tự động RNA virus SARS-CoV-2 theo nguyên lý hạt từ tính sử dụng thuốc thử chuẩn bị mẫu DNA Abbott. Việc bất hoạt mẫu và hòa tan các hạt virus được thực hiện bằng chất tẩy rửa có chứa guanidine isothiocyanate để biến tính protein và bất hoạt RNase. Sau đó, RNA được tách khỏi protein bằng cách tách pha rắn bằng silica, tức là muối guanidinium và độ pH kiềm của đệm ly giải thúc đẩy liên kết của axit nucleic với silica (SiO2). Bước rửa loại bỏ các protein và mảnh vụn còn lại để tạo ra dung dịch trong suốt. RNA trong suốt được phân lập từ các hạt vi mô gốc silica bằng từ trường của thiết bị20,21. Mặt khác, việc phân lập và tinh chế RNA thủ công được thực hiện bằng phương pháp cột ly tâm sử dụng phương pháp ly tâm thay vì giá từ tính và tách các hạt vi mô khỏi chất rửa giải.
Xét nghiệm phát hiện Abbott Real-Time SARS-CoV-2 (Abbott Molecular, Inc.) được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất, đã nhận được EUA19,22 từ WHO và FDA. Trong giao thức này, quá trình bất hoạt mẫu trước khi chiết xuất được thực hiện trong bồn nước ở 56 °C trong 30 phút. Sau khi bất hoạt vi-rút, quá trình chiết xuất axit nucleic được thực hiện trên thiết bị Abbott m2000 SP từ 0,5 ml VTM bằng hệ thống chuẩn bị mẫu DNA Abbott m2000. theo nhà sản xuất. Quá trình khuếch đại và phát hiện được thực hiện bằng thiết bị Abbott m2000 RT-PCR và phát hiện kép được thực hiện đối với gen RdRp và N. ROX) và VIC P (thuốc nhuộm độc quyền) để nhắm mục tiêu và phát hiện các đối chứng nội bộ, cho phép phát hiện đồng thời cả hai sản phẩm khuếch đại 19 .
Phương pháp phát hiện khuếch đại của bộ dụng cụ này dựa trên công nghệ RT-PCR một bước. Các gen ORF1a/b và N được Daan Gene Technology chọn làm vùng bảo tồn để phát hiện khuếch đại vùng mục tiêu. Các đoạn mồi và đầu dò huỳnh quang đặc hiệu (đầu dò gen N được gắn nhãn FAM, đầu dò ORF1a/b được gắn nhãn VIC) đã được thiết kế để phát hiện RNA SARS-CoV-2 trong các mẫu. Dung dịch rửa giải cuối cùng và hỗn hợp chính được chuẩn bị bằng cách thêm 5 µl dung dịch rửa giải vào 20 µl hỗn hợp chính để đạt thể tích cuối cùng là 25 µl. Quá trình khuếch đại và phát hiện được thực hiện đồng thời trên thiết bị PCR thời gian thực ABI 750024.
Gen ORF1a/b và N được phát hiện bằng Bộ chẩn đoán axit nucleic Sansure Biotech nCoV-2019 (phát hiện PCR huỳnh quang). Chuẩn bị các đầu dò cụ thể cho từng gen mục tiêu bằng cách chọn kênh FAM cho vùng ORF1a/b và kênh ROX cho gen N. Đối với bộ xét nghiệm này, thuốc thử pha loãng và thuốc thử hỗn hợp chính được thêm vào như sau: chuẩn bị 30 µl thuốc thử hỗn hợp chính và 20 µl mẫu đã rửa giải để phát hiện/khuếch đại. PCR thời gian thực ABI 750025 được sử dụng để khuếch đại/phát hiện.
Xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI là bộ xét nghiệm rRT-PCR huỳnh quang thời gian thực để chẩn đoán COVID-19. Vùng đích nằm ở vùng ORF1a/b của bộ gen SARS-CoV-2, đây là phương pháp phát hiện gen đơn lẻ. Ngoài ra, gen quản gia β-actin của con người là gen đích được điều hòa nội bộ. Hỗn hợp chính được chuẩn bị bằng cách trộn 20 µl thuốc thử hỗn hợp chính và 10 µl mẫu RNA đã chiết xuất trong một đĩa giếng26. Thiết bị PCR định lượng thời gian thực huỳnh quang ABI 7500 được sử dụng để khuếch đại và phát hiện. Tất cả các quá trình khuếch đại axit nucleic, điều kiện chạy PCR cho từng xét nghiệm và diễn giải kết quả đều được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất tương ứng (Bảng 3).
Trong phân tích so sánh này, chúng tôi không sử dụng phương pháp chuẩn tham chiếu để xác định phần trăm đồng thuận (dương tính, âm tính và tổng thể) và các thông số so sánh khác cho bốn phân tích. Mỗi so sánh thử nghiệm được thực hiện với CRS, trong nghiên cứu này, CRS được thiết lập theo quy tắc "bất kỳ kết quả dương tính nào" và kết quả được xác định, không phải bằng một thử nghiệm duy nhất, chúng tôi đã sử dụng ít nhất hai kết quả thử nghiệm khớp. Ngoài ra, trong trường hợp lây truyền COVID-19, kết quả âm tính giả nguy hiểm hơn kết quả dương tính giả. Do đó, để nói "dương tính" chính xác nhất có thể từ kết quả CRS, ít nhất hai xét nghiệm thử nghiệm phải là dương tính, nghĩa là ít nhất một kết quả dương tính có khả năng đến từ xét nghiệm EUA. Do đó, trong bốn kết quả thử nghiệm, hai hoặc nhiều kết quả thử nghiệm cho cùng một kết quả được coi là dương tính hoặc âm tính thật18,27.
Dữ liệu được thu thập bằng biểu mẫu trích xuất dữ liệu có cấu trúc, nhập dữ liệu và phân tích được thực hiện bằng phần mềm thống kê Excel và SPSS phiên bản 23.0 cho thống kê mô tả. Sự đồng thuận phần trăm tích cực, tiêu cực và tổng thể đã được phân tích và điểm Kappa được sử dụng để xác định mức độ đồng thuận của từng phương pháp với CRS. Giá trị Kappa được diễn giải như sau: 0,01 đến 0,20 cho sự đồng thuận nhẹ, 0,21 đến 0,40 cho sự đồng thuận chung, 0,41-0,60 cho sự đồng thuận vừa phải, 0,61-0,80 cho sự đồng thuận lớn và 0,81-0,99 cho sự đồng thuận hoàn toàn28.
Đã nhận được giấy phép đạo đức từ Đại học Addis Ababa và tất cả các giao thức thử nghiệm cho nghiên cứu này đã được Hội đồng đánh giá đạo đức khoa học của Viện Y tế công cộng Ethiopia chấp thuận. Số tham chiếu cho Giấy phép đạo đức EPHI là EPHI/IRB-279-2020. Tất cả các phương pháp đã được áp dụng theo các khuyến nghị và quy định của Hướng dẫn toàn diện quốc gia Ethiopia về điều trị COVID-19. Ngoài ra, đã có sự đồng ý bằng văn bản từ tất cả những người tham gia nghiên cứu trước khi tham gia nghiên cứu.
Tất cả dữ liệu thu được hoặc phân tích trong nghiên cứu này đều được đưa vào bài báo đã xuất bản này. Dữ liệu hỗ trợ kết quả của nghiên cứu này có sẵn từ tác giả tương ứng theo yêu cầu hợp lý.
Tổ chức Y tế Thế giới. Khuyến nghị về Chiến lược Xét nghiệm trong Phòng thí nghiệm đối với COVID-19: Hướng dẫn tạm thời, ngày 21 tháng 3 năm 2020 Số WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Chẩn đoán thông minh COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Áp dụng toàn diện trong Thực hành. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Chẩn đoán thông minh COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Áp dụng toàn diện trong Thực hành.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. và Gurgulianis, KI Chẩn đoán thông minh COVID-19 tại khoa cấp cứu: mọi thứ trong thực tế.Muliou DS, Pantazopoulos I. và Gurgulyanis KI Chẩn đoán thông minh COVID-19 tại các khoa cấp cứu: tích hợp toàn diện trong thực hành. Chuyên gia Reverend Respire. y học. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL và St. George, K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL và St. George K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA. J. Lâm sàng. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Phát hiện bệnh do virus corona 2019 (COVID-19) trong phòng thí nghiệm ở bệnh nhân nghi ngờ mắc bệnh. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (truy cập ngày 15 tháng 8 năm 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Chẩn đoán COVID-19: Bệnh tật và Công cụ xét nghiệm. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Thành lập Cao đẳng Bệnh học Đông, Trung và Nam Phi – Trường Bệnh học Khu vực Trung Đông và Nam Phi. Châu Phi. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Viện Y tế Công cộng Ethiopia, Bộ Y tế Liên bang. Chiến lược và Hướng dẫn Quốc gia Tạm thời về Chẩn đoán Xét nghiệm COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (truy cập ngày 12 tháng 8 năm 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Các xét nghiệm âm tính giả đối với nhiễm SARS-CoV-2: Thách thức và tác động. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Các xét nghiệm âm tính giả đối với nhiễm SARS-CoV-2: Thách thức và tác động.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim AS Xét nghiệm âm tính giả đối với nhiễm trùng SARS-CoV-2 và hậu quả của chúng.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim AS Các xét nghiệm âm tính giả đối với tình trạng kích thích và tác động của nhiễm SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp COVID-19 dương tính giả và âm tính giả: Chiến lược phòng ngừa và quản lý đường hô hấp, tiêm chủng và các góc nhìn khác. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp COVID-19 dương tính giả và âm tính giả: Chiến lược phòng ngừa và quản lý đường hô hấp, tiêm chủng và các góc nhìn khác. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и bạn có thể làm điều đó. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả của COVID-19: chiến lược phòng ngừa và điều trị đường hô hấp, tiêm chủng và hướng đi tiếp theo.Muliu, DS và Gurgulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả của COVID-19: các chiến lược phòng ngừa và điều trị hô hấp, tiêm chủng và hướng đi tiếp theo. Chuyên gia Reverend Respire. y học. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Chẩn đoán COVID-19 tại khoa cấp cứu: Nhìn thấy cây nhưng mất cả rừng. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Chẩn đoán COVID-19 tại khoa cấp cứu: Nhìn thấy cây nhưng mất cả rừng.Mouliou, DS, Ioannis, P. và Konstantinos, G. Chẩn đoán COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Nhìn thấy cây, mất cả khu rừng.Muliou DS, Ioannis P. và Konstantinos G. Chẩn đoán COVID-19 tại phòng cấp cứu: Không đủ rừng cho cây. Xuất hiện. y học. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Xác nhận và xác thực hiệu suất phân tích và lâm sàng của xét nghiệm Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Lâm sàng. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng bộ gen khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi-rút bằng phương pháp RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng bộ gen khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi-rút bằng phương pháp RT-PCR thông thường.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. và Aflatunyan, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau của bộ gen COVID-19 để phát hiện nhiễm trùng do vi-rút bằng phương pháp RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自Covid-19 Tôi có thể sử dụng phương pháp RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh 5 vùng di truyền khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm trùng do vi-rút bằng phương pháp RT-PCR thông thường.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. và Aflatunyan B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau của bộ gen COVID-19 để phát hiện nhiễm trùng do vi-rút bằng phương pháp RT-PCR thông thường.Iran. J. Vi sinh vật học. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Kết quả sơ bộ của chương trình đánh giá chất lượng bên ngoài quốc gia để phát hiện trình tự bộ gen SARS-CoV-2. J. Lâm sàng. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Đánh giá phân tích hiệu quả của năm bộ dụng cụ RT-PCR đối với vi-rút Corona gây hội chứng hô hấp cấp tính nặng 2. J. Lâm sàng. phòng thí nghiệm. hậu môn. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Đánh giá bảy bộ dụng cụ phát hiện RNA SARS-CoV-2 có bán trên thị trường tại Trung Quốc dựa trên phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực (PCR). lâm sàng. Hóa học. phòng thí nghiệm. y học. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. So sánh bảy bộ dụng cụ chẩn đoán RT-PCR COVID-19 thương mại. J. Lâm sàng. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. So sánh hiệu suất chẩn đoán của hai bộ dụng cụ PCR để phát hiện axit nucleic SARS-CoV-2. J. Lâm sàng. phòng thí nghiệm. hậu môn. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, v.v. Một nghiên cứu so sánh bốn nền tảng xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (NAAT) của SARS-CoV-2 cho thấy hiệu suất của ID NOW bị suy giảm đáng kể tùy thuộc vào loại bệnh nhân và mẫu. chẩn đoán. vi sinh. Nhiễm trùng. diss. 99(1), 115200 (2021).
Phân tử Abbott. Tờ hướng dẫn phân tích SARS-CoV-2 thời gian thực của Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Tính đến ngày 10 tháng 8 năm 2020) (2020).
Klein, S. et al. Phân lập RNA SARS-CoV-2 bằng hạt từ tính để phát hiện nhanh trên quy mô lớn bằng RT-qPCR và RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).