Hiệu suất của bốn xét nghiệm khuếch đại axit nucleic để xác định SARS-CoV-2 ở Ethiopia

Cảm ơn bạn đã ghé thăm Nature.com.Bạn đang sử dụng phiên bản trình duyệt có hỗ trợ CSS hạn chế.Để có trải nghiệm tốt nhất, chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng trình duyệt cập nhật (hoặc tắt Chế độ tương thích trong Internet Explorer).Ngoài ra, để đảm bảo hỗ trợ liên tục, chúng tôi hiển thị trang web không có kiểu và JavaScript.
Hiển thị một băng chuyền gồm ba trang trình bày cùng một lúc.Sử dụng các nút Trước và Tiếp theo để di chuyển qua ba trang chiếu cùng một lúc hoặc sử dụng các nút thanh trượt ở cuối để di chuyển qua ba trang chiếu cùng một lúc.
Kể từ khi dịch bệnh vi-rút corona năm 2019 (COVID-19) bùng phát, nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới và trở thành xét nghiệm tiêu chuẩn.Mặc dù một số xét nghiệm đã nhanh chóng được phát triển và áp dụng cho các xét nghiệm chẩn đoán trong phòng thí nghiệm, hiệu suất của các xét nghiệm này chưa được đánh giá trong nhiều môi trường khác nhau.Do đó, nghiên cứu này nhằm mục đích đánh giá hiệu suất của các xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI và Sansure Biotech bằng cách sử dụng Tiêu chuẩn tham chiếu tổng hợp (CRS).Nghiên cứu được thực hiện tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) từ ngày 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020. 164 mẫu dịch mũi họng được chiết xuất bằng cách sử dụng bộ QIAamp RNA mini và hệ thống chuẩn bị mẫu DNA của Abbott.Trong số 164 mẫu vật, 59,1% là dương tính và 40,9% là âm đối với CRS. Tích cực của công nghệ sinh học sansure thấp đáng kể so với CRS (p <0,05). Tích cực của công nghệ sinh học sansure thấp đáng kể so với CRS (p <0,05). Sansure Biotech đánh giá cao hơn về CRS (p < 0,05). Kết quả dương tính của Sansure Biotech thấp hơn đáng kể so với CRS (p <0,05).与 CRS ， Sansure Biotech 的 显着 较 （p <0,05）。与 CRS ， Sansure Biotech 的 显着 较 （p <0,05）。 У Sansure Biotech được đánh giá cao về chất lượng của CRS (p < 0,05). Công nghệ sinh học Sansure có kết quả dương tính ít hơn đáng kể so với CRS (p <0,05).Thỏa thuận chung của bốn phân tích là 96,3100100% so với CRS.Ngoài tỷ lệ dương tính thấp của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure, hiệu suất của bốn xét nghiệm gần như có thể so sánh được.Do đó, xét nghiệm [Chỉ dành cho nghiên cứu (RUO)] của Sansure Biotech cần được xác nhận bổ sung để sử dụng ở Ethiopia.Cuối cùng, nghiên cứu bổ sung nên được xem xét để đánh giá các xét nghiệm với yêu cầu của nhà sản xuất phù hợp.
Xét nghiệm trong phòng thí nghiệm là một phần trong Kế hoạch Chiến lược Chuẩn bị và Ứng phó (SPRP) của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO).WHO khuyến cáo rằng các quốc gia cần xây dựng năng lực phòng thí nghiệm để cải thiện sự sẵn sàng, quản lý ca bệnh phù hợp, cảnh giác và phản ứng nhanh với các thách thức về sức khỏe cộng đồng.Điều này cho thấy vai trò của phòng thí nghiệm là chìa khóa để mô tả đặc điểm của bệnh và dịch tễ học của các tác nhân truyền nhiễm mới nổi và kiểm soát sự lây lan của chúng.
Việc chẩn đoán COVID-19 yêu cầu thông tin dịch tễ học và y tế, các triệu chứng/dấu hiệu cá nhân cũng như dữ liệu chụp X-quang và xét nghiệm2.Kể từ khi đợt bùng phát COVID-19 được báo cáo ở Vũ Hán, Trung Quốc, nhiều xét nghiệm khuếch đại axit nucleic thương mại (NAAT) đã được phát triển trên khắp thế giới.Phản ứng chuỗi polymerase sao chép ngược thời gian thực (rRT-PCR) đã được sử dụng như một phương pháp thường quy và tiêu chuẩn để chẩn đoán trong phòng thí nghiệm đối với nhiễm trùng hội chứng hô hấp cấp tính nặng 2 (SARS-CoV-2)3.Phát hiện phân tử SARS-CoV-2 thường dựa trên các gen N (gen protein nucleocapsid), E (gen protein vỏ) và RdRp (gen RNA polymerase phụ thuộc RNA) trong ORF1a/b (khung đọc mở 1a/b) .gen) được xác định từ bộ gen của virus.Chúng được coi là những vùng được bảo tồn chính được tìm thấy trong bộ gen của virus để nhận dạng virus4.Trong số các gen này, gen RdRp và E có độ nhạy phát hiện phân tích cao, trong khi gen N có độ nhạy phân tích thấp5.
Hiệu suất của xét nghiệm PCR có thể khác nhau tùy thuộc vào nhiều yếu tố như: thuốc thử chiết, thuốc thử khuếch đại/phát hiện, phương pháp chiết, chất lượng của máy PCR và các dụng cụ khác.Tính đến tháng 4 năm 2020, hơn 48 thiết bị chẩn đoán khác nhau từ chín quốc gia đã nhận được Giấy phép Sử dụng Khẩn cấp (EUA) để chẩn đoán COVID-196.Ở Ethiopia, hơn 14 nền tảng PCR thời gian thực được sử dụng để phát hiện PCR SARS-CoV-2 tại 26 tổ chức y tế công cộng, bao gồm ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 và Quant-studio7.Ngoài ra, có sẵn nhiều bộ dụng cụ xét nghiệm PCR khác nhau, chẳng hạn như xét nghiệm Daan Gene, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Sansure Biotech và xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI.Mặc dù rRT-PCR có độ nhạy cao, nhưng một số bệnh nhân mắc COVID-19 báo cáo kết quả âm tính giả do không đủ bản sao axit ribonucleic của virus (RNA) trong các mẫu do thu thập, vận chuyển, bảo quản và xử lý cũng như xét nghiệm trong phòng thí nghiệm không đúng cách.điều kiện và hành động của nhân sự8.Ngoài ra, việc xử lý sai mẫu hoặc đối chứng, cài đặt ngưỡng chu kỳ (Ct) và phản ứng chéo với các axit nucleic gây bệnh khác hoặc RNA SARS-CoV-2 không hoạt động/dư có thể dẫn đến kết quả dương tính giả trong xét nghiệm rRT-PCR9.Do đó, rõ ràng là các xét nghiệm PCR thực sự có thể xác định người mang các đoạn gen, vì chúng thậm chí không thể phân biệt giữa các gen virus thực sự hoạt động, vì vậy các xét nghiệm chỉ có thể xác định người mang mầm bệnh chứ không phải bệnh nhân10.Do đó, điều quan trọng là đánh giá hiệu suất chẩn đoán bằng các phương pháp tiêu chuẩn trong môi trường của chúng tôi.Mặc dù nhiều thuốc thử NAAT có sẵn tại Viện Y tế Công cộng Ethiopia (EPHI) và trên khắp đất nước, nhưng chưa có đánh giá so sánh nào về hiệu quả của chúng.Do đó, nghiên cứu này nhằm mục đích đánh giá hiệu suất so sánh của các bộ dụng cụ thương mại có sẵn để phát hiện SARS-CoV-2 bằng rRT-PCR sử dụng các mẫu bệnh phẩm.
Tổng cộng có 164 người tham gia nghi ngờ nhiễm COVID-19 được đưa vào nghiên cứu này.Phần lớn các mẫu là từ các trung tâm điều trị (118/164 = 72%), trong khi 46 người tham gia còn lại (28%) đến từ các trung tâm không điều trị.Trong số những người tham gia không được điều trị tại trung tâm, 15 (9,1%) có trường hợp nghi ngờ lâm sàng và 31 (18,9%) có liên hệ với các trường hợp được xác nhận.Chín mươi ba (56,7%) người tham gia là nam giới và tuổi trung bình (± SD) của những người tham gia là 31,10 (± 11,82) tuổi.
Trong nghiên cứu này, tỷ lệ dương tính và âm tính của bốn xét nghiệm đối với COVID-19 đã được xác định.Do đó, tỷ lệ dương tính của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Daan Gene 2019-nCoV, xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV lần lượt là 59,1%, 58,5%, 57,9% và 55,5%. .Điểm chuẩn tham chiếu tổng hợp dương và âm (CRS) lần lượt là 97 (59,1%) và 67 (40,9%) (Bảng 1).Trong nghiên cứu này, định nghĩa về CRS dựa trên quy tắc “dương tính bất kỳ”, theo đó trong số bốn kết quả xét nghiệm, hai hoặc nhiều kết quả xét nghiệm cho kết quả giống nhau được coi là dương tính hoặc âm tính thực sự.
Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã tìm thấy một thỏa thuận tỷ lệ phần trăm âm (NPA) là 100% (95% CI 94,6–100) cho tất cả các phân tích so với CRS.Phân tích Công nghệ sinh học Sansure cho thấy PPA tối thiểu là 93,8% (KTC 95% 87,2-97,1) và phân tích Daan Gene 2019-nCoV có tỷ lệ chung là 99,4% (KTC 95% 96,6-99,9).Ngược lại, mức độ phù hợp chung giữa xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI và xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV lần lượt là 98,8% và 96,3% (Bảng 2).
Hệ số kappa của Cohen về sự thống nhất giữa kết quả xét nghiệm CRS và Abbott SARS-CoV-2 hoàn toàn nhất quán (K = 1,00).Tương tự, các giá trị kappa của Cohen được phát hiện bởi Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI và Sansure Biotech 2019-nCoV cũng hoàn toàn phù hợp với CRS (K ≥ 0,925).Trong phân tích so sánh này, phép thử chi-square (thử nghiệm McNemar) cho thấy kết quả xét nghiệm Sansure Biotech 2019-nCoV khác biệt đáng kể so với kết quả CRS (p = 0,031) (Bảng 2).
Như thể hiện trong hình.1 Tỷ lệ phần trăm giá trị CT thấp nhất (<20 CT) của xét nghiệm Abbott Sars-CoV-2 (Gen RDRP và N kết hợp) là 87,6% và ARF1A/B Giá trị CT của Sansure Biotech 2019-Ncov cho thấy tỷ lệ phần trăm thấp của thấp của thấp thấp Giá trị Ct (<20 Ct) là 50,3% và giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%. 1 Tỷ lệ phần trăm giá trị CT thấp nhất (<20 CT) của xét nghiệm Abbott Sars-CoV-2 (Gen RDRP và N kết hợp) là 87,6% và ARF1A/B Giá trị CT của Sansure Biotech 2019-Ncov cho thấy tỷ lệ phần trăm thấp của thấp của thấp thấp Giá trị Ct (<20 Ct) là 50,3% và giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%.Như thể hiện trong hình.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, tỷ lệ phần trăm phân tích giá trị Ct thấp nhất (< 20 Ct) của Abbott SARS-CoV-2 (gen kết hợp RdRp và N) là 87,6% và giá trị Ct của phân tích gen ORF1a/b của Sansure Biotech 2019-nCoV cho thấy tỷ lệ Ct giá trị thấp (< 20 Ct) chiếm 50,3%, Ct giá trị cao (36–40 Ct) chiếm 3,2%.如 1 所 ， abbott Sars-cov-2 检测 结合 rdrp 和 n 基因 的 低 低 低 值 值 （<20 CT值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3,2%。 Như được hiển thị trong Hình 1, tỷ lệ phần trăm giá trị CT thấp nhất (<20 CT) của xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp RDRP và gen N) là 87,6%, giá trị CT gen ORF1A/B của xét nghiệm Sansure Biotech 2019-Ncov cho thấy tỷ lệ phần trăm Ct值(< 20 Ct) 的 thấp là 50,3%, tỷ lệ phần trăm 高Ct 值(36–40 Ct) 的 là 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Như được hiển thị trong Hình 1, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 (kết hợp gen RdRp và N) có giá trị phần trăm Ct thấp nhất (< 20 Ct) là 87,6%, trong khi giá trị Ct của gen ORF1a/b trong Sansure Nghiên cứu Biotech 2019 – Phân tích nCoV cho thấy Ct thấp. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Tỷ lệ phần trăm giá trị (<20 Ct) là 50,3% và tỷ lệ phần trăm giá trị Ct cao (36–40 Ct) là 3,2%.Xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2 B ghi nhận giá trị Ct trên 30. Mặt khác, trên xét nghiệm BGI SARS-CoV-2, gen ORF1a/b có tỷ lệ phần trăm giá trị Ct cao (> 36 Ct) là 4% (Hình 1). Mặt khác, trên xét nghiệm BGI SARS-CoV-2, gen ORF1a/b có tỷ lệ phần trăm giá trị Ct cao (> 36 Ct) là 4% (Hình 1). Р р р р с Mặt khác, trong phân tích gen BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b có giá trị Ct cao (> 36 Ct), tỷ lệ phần trăm trong số đó là 4% (Hình 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图1）。 Mặt khác, trong phát hiện BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (>36 Ct) là 4% (Hình 1). Р р р р с Mặt khác, trong phân tích BGI SARS-CoV-2, tỷ lệ gen ORF1a/b có giá trị Ct cao (>36 Ct) là 4% (Hình 1).
Trong nghiên cứu này chúng tôi lấy 164 mẫu dịch mũi họng.Đối với tất cả các loại xét nghiệm, quá trình phân lập và khuếch đại RNA được thực hiện bằng các phương pháp và bộ dụng cụ do các nhà sản xuất tương ứng khuyến nghị.
Nghiên cứu này đã chứng minh rằng xét nghiệm SARS-CoV-2 của Abbott có hiệu suất phát hiện tương tự như CRS, với 100% kết quả dương tính, âm tính và tổng thể phù hợp.Thỏa thuận kappa của Cohen là 1,00, cho thấy sự đồng ý hoàn toàn với CRS.Một nghiên cứu tương tự của Đại học Washington ở Hoa Kỳ cho thấy độ nhạy và độ đặc hiệu tổng thể của xét nghiệm Abbott đối với SARS-CoV-2 lần lượt là 93% và 100% so với xét nghiệm do phòng thí nghiệm xác định (LDA) của CDC. .11. Hệ thống phát hiện SARS-CoV-2 của Abbott dựa trên việc phát hiện kết hợp đồng thời các gen N và RdRp, vì cả hai gen này đều nhạy cảm hơn, giảm thiểu âm tính giả12.Một nghiên cứu ở Viên, Áo cũng chỉ ra rằng thể tích mẫu chiết lớn và thể tích dung môi rửa giải phát hiện đã giảm thiểu hiệu ứng pha loãng và tăng hiệu quả phát hiện13.Do đó, kết hợp hoàn hảo của Abbott cho xét nghiệm SARS-CoV-2 có thể được liên kết với hệ thống phát hiện nền tảng phát hiện đồng thời các gen tổ hợp, chiết xuất một số lượng lớn mẫu (0,5 ml) và sử dụng một lượng lớn chất rửa giải (40 μl).
Kết quả của chúng tôi cũng cho thấy rằng hiệu suất phát hiện của xét nghiệm di truyền Daan gần giống như của CRS.Điều này phù hợp với một nghiên cứu14 được thực hiện tại Đại học An Huy ở Hoài Nam, Trung Quốc và tuyên bố của nhà sản xuất về sự đồng ý tích cực 100%.Mặc dù có báo cáo về kết quả nhất quán, một mẫu là âm tính giả sau khi kiểm tra lại cùng một rửa giải, nhưng dương tính trong các xét nghiệm Abbott Sars-CoV-2 và Sansure Biotech NCOV-2019.Điều này cho thấy rằng có thể có sự thay đổi trong kết quả giữa các loại xét nghiệm khác nhau. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện ở Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm gen DAAN là khác nhau đáng kể (p <0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm của họ. Tuy nhiên, trong nghiên cứu được thực hiện ở Trung Quốc15, kết quả của xét nghiệm gen DAAN là khác nhau đáng kể (p <0,05) so với xét nghiệm tham chiếu do phòng thí nghiệm của họ. Т Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả phân tích của Daan Gene khác biệt đáng kể (p < 0,05) so với phân tích tham chiếu trong phòng thí nghiệm của họ.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显盼5p＂ 0.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着55 <0.0. Tuy nhiên, trong một nghiên cứu ở Trung Quốc15, kết quả xét nghiệm di truyền của DAAN là khác nhau đáng kể (p <0,05) so với xét nghiệm phòng thí nghiệm tham chiếu của nó.Sự khác biệt này có thể là do độ nhạy của thử nghiệm tham chiếu để phát hiện SARS-CoV-2, và các nghiên cứu tiếp theo có thể rất quan trọng để xác định nguyên nhân.
Ngoài ra, nghiên cứu của chúng tôi đã đánh giá hiệu suất so sánh của xét nghiệm BGI SARS-CoV-2 với CRS, cho thấy tỷ lệ phần trăm đồng thuận tuyệt vời (PPA = 97,9%), tỷ lệ phần trăm đồng ý tiêu cực (NPA = 100%) và tỷ lệ phần trăm tổng thể đồng ý theo giới tính ( OPA).).= 98,8%).Các giá trị Kappa của Cohen cho thấy sự phù hợp tốt (K = 0,975).Các nghiên cứu ở Hà Lan16 và Trung Quốc15 đã cho thấy kết quả nhất quán.Xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI là một xét nghiệm phát hiện gen đơn (ORF1a/b) sử dụng dịch rửa giải phát hiện/khuếch đại 10 µl.Mặc dù thống nhất thống kê tốt với kết quả tham khảo của chúng tôi, phân tích đã bỏ sót hai mẫu dương tính (1,22%) trong tổng số mẫu.Điều này có thể có ý nghĩa lâm sàng rất lớn đối với động lực lây truyền ở cả cấp độ bệnh nhân và cộng đồng.
Một phân tích so sánh khác được đưa vào nghiên cứu này là xét nghiệm Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO);tỷ lệ khớp tổng thể là 96,3%.Độ mạnh của sự đồng ý cũng được xác định bởi giá trị Kappa của Cohen, là 0,925, cho thấy sự đồng ý hoàn toàn với CRS.Một lần nữa, kết quả của chúng tôi giống hệt với các nghiên cứu được thực hiện tại Đại học Trung tâm South ở Changsha, Trung Quốc và tại Khoa Phòng thí nghiệm lâm sàng của Bệnh viện Nhân dân Liuzhou, Thành phố Liuzhou, Trung Quốc17. Mặc dù sự phù hợp thống kê tốt ở trên đã được ghi lại, thử nghiệm Chi-vuông (xét nghiệm MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure đã có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p <0,005). Mặc dù sự phù hợp thống kê tốt ở trên đã được ghi lại, thử nghiệm Chi-vuông (xét nghiệm MacNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure đã có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p <0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Mặc dù thỏa thuận thống kê tốt ở trên đã được ghi lại, thử nghiệm Chi-vuông (xét nghiệm McNemar) cho thấy kết quả của xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê so với CRS (p <0,005).A尽管 了 上述 ， ， 但 检验 （（（， ， ， ， ， sanure biotech 检测 结果 crs 相比 显着 显着 p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Mặc dù có sự thống nhất thống kê tốt đã nêu ở trên, thử nghiệm chi bình phương (thử nghiệm McNemar) cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (p < 0,005) giữa thử nghiệm Sansure Biotech và CRS.Sáu mẫu (3,66%) được phát hiện là âm tính giả so với CRS (Bảng bổ sung 1);điều này rất quan trọng, đặc biệt là với động lực lây truyền của vi rút.Dữ liệu trên cũng hỗ trợ tỷ lệ phát hiện thấp này15.
Trong nghiên cứu này, giá trị Ct được xác định cho từng xét nghiệm và nền tảng tương ứng, với giá trị Ct trung bình thấp nhất được báo cáo trong xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2.Kết quả này có thể liên quan đến hệ thống xét nghiệm di truyền kết hợp đồng thời của Abbott để phát hiện SARS-CoV-2.Do đó, theo Hình 1, 87,6% kết quả Abbott SARS-CoV-2 có giá trị Ct dưới 20. Chỉ một số ít kết quả mẫu (12,4%) nằm trong khoảng 20-30.Giá trị Ct trên 30 không được ghi lại.Ngoài việc Abbott sử dụng định dạng xét nghiệm di truyền bảng điều khiển SARS-CoV-2, kết quả này có thể liên quan đến giới hạn phát hiện thấp hơn (32,5 bản sao RNA/mL)18, thấp hơn ba lần so với giới hạn dưới 100 bản sao RNA của công ty /mL.ml)19.
Nghiên cứu này có một số hạn chế: thứ nhất, chúng tôi không có các phương pháp chuẩn/tham chiếu [chẳng hạn như tải lượng vi-rút hoặc các xét nghiệm trong phòng thí nghiệm khác (LDA)] do thiếu nguồn lực.Thứ hai, tất cả các mẫu được sử dụng trong nghiên cứu này đều là gạc mũi họng, trong khi kết quả không áp dụng cho các loại mẫu khác và thứ ba, kích thước mẫu của chúng tôi nhỏ.
Nghiên cứu này đã so sánh hiệu suất của bốn xét nghiệm rRT-PCR đối với SARS-CoV-2 bằng cách sử dụng các mẫu dịch mũi họng.Tất cả các xét nghiệm phát hiện đều có hiệu suất gần như tương đương, ngoại trừ xét nghiệm Sansure Biotech. Ngoài ra, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm Sansure Biotech so với CRS (p < 0,05). Ngoài ra, tỷ lệ dương tính thấp được xác định trong xét nghiệm Sansure Biotech so với CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению снению с0S, CR. Ngoài ra, xét nghiệm Sansure Biotech cho thấy tỷ lệ kết quả dương tính thấp so với CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнею с,ных результатов по сравнею с,н05 (p < 05). Ngoài ra, xét nghiệm Sansure Biotech có tỷ lệ dương tính thấp hơn so với CRS (p < 0,05).Phân tích Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) về PPA, NPA và thỏa thuận tổng thể vượt quá 93,5% với cường độ Cohen Kappa về giá trị thỏa thuận là 0,925.Cuối cùng, Xét nghiệm công nghệ sinh học Sansure (RUO) cần được xác nhận thêm để sử dụng ở Ethiopia và cần xem xét nghiên cứu bổ sung để đánh giá các tuyên bố từ các nhà sản xuất riêng lẻ.
Thiết kế nghiên cứu so sánh được thực hiện tại bốn cơ sở y tế ở Addis Ababa, Bệnh viện Eka Kotebe, Trung tâm Điều trị Millennium Church, Bệnh viện Zewooditu Memorial và Bệnh viện Chuyên khoa Lao St. Peter.Dữ liệu được thu thập từ ngày 1 đến ngày 31 tháng 12 năm 2020. Các cơ sở y tế cho nghiên cứu này được lựa chọn có chủ đích dựa trên số lượng ca bệnh cao và sự sẵn có của các trung tâm điều trị lớn trong thành phố.Tương tự, các thiết bị, bao gồm thiết bị PCR thời gian thực ABI 7500 và Abbott m2000, đã được chọn theo khuyến nghị của nhà sản xuất thuốc thử NAAT và bốn bộ phát hiện PCR đã được chọn cho nghiên cứu này, vì hầu hết các phòng thí nghiệm ở Ethiopia đã sử dụng ít nhất bốn người trong số họ.Xét nghiệm gen, xét nghiệm Abbott SARS-CoV-2, xét nghiệm Sansure Biotech và xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI được thực hiện trong quá trình nghiên cứu).
Việc xét nghiệm SARS-CoV-2 được thực hiện từ ngày 1 đến ngày 30 tháng 12 năm 2020 bằng cách sử dụng 3 ml Môi trường Vận chuyển Vi-rút (VTM) (Miraclean Technology, Thâm Quyến, Trung Quốc) từ các cá nhân đang bị điều tra về COVID-19 được gọi là EPHI.Các mẫu dịch mũi họng được thu thập bởi những người thu thập mẫu đã được đào tạo và gửi đến EPHI trong ba gói.Trước khi phân lập axit nucleic, mỗi mẫu được gán một số nhận dạng duy nhất.Chiết xuất được thực hiện từ mỗi mẫu ngay khi đến bằng phương pháp chiết xuất thủ công và tự động.Vì vậy, đối với quá trình chiết tự động của Abbott m2000, 1,3 ml (bao gồm 0,8 ml thể tích chết và 0,5 ml thể tích đầu vào chiết) của mẫu được chiết ra khỏi mỗi mẫu và được đưa qua Hệ thống Chuẩn bị Mẫu DNA của Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Hoa Kỳ).) Một lô gồm 96 mẫu [92 mẫu, hai biện pháp kiểm soát phát hiện và hai biện pháp kiểm soát không phải mẫu (NTC)] đã được đưa vào quy trình tổng thể (thu hồi và phát hiện) hai đợt SARS-CoV-2 (EUA) trong thời gian thực.khai thác mỏ.Tương tự, để trích xuất thủ công, hãy sử dụng cùng một mẫu (đối với trích xuất và phát hiện tự động).Do đó, trong suốt quá trình, 140 μl mẫu đã được chia nhỏ và chiết xuất bằng cách sử dụng QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Đức) theo lô 24 mẫu (bao gồm 20 mẫu, hai đối chứng xét nghiệm và hai NTC) trong chín vòng.Dịch rửa giải được chiết xuất thủ công được khuếch đại và phát hiện bằng máy chu trình nhiệt ABI 7500 sử dụng xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI, xét nghiệm Daan Gene và xét nghiệm Sansure Biotech.
Quá trình phân lập và tinh chế tự động RNA của vi-rút SARS-CoV-2 tuân theo nguyên tắc hạt từ tính bằng cách sử dụng thuốc thử chuẩn bị mẫu DNA của Abbott.Quá trình khử hoạt tính của các mẫu và quá trình hòa tan các phần tử vi-rút được thực hiện bằng cách sử dụng chất tẩy rửa có chứa guanidine isothiocyanate để làm biến tính protein và vô hiệu hóa RNase.Sau đó, RNA được tách ra khỏi protein bằng cách tách pha rắn sử dụng silica, nghĩa là muối guanidinium và độ pH kiềm của dung dịch đệm ly giải thúc đẩy liên kết của axit nucleic với silica (SiO2).Bước rửa sẽ loại bỏ các protein và mảnh vụn còn lại để tạo ra dung dịch trong suốt.RNA trong suốt được phân lập từ các vi hạt dựa trên silica bằng từ trường của thiết bị20,21.Mặt khác, việc tách chiết và tinh chế RNA thủ công được thực hiện bằng phương pháp cột quay sử dụng ly tâm thay vì giá đỡ từ tính và tách các vi hạt ra khỏi dung dịch rửa giải.
Thử nghiệm phát hiện SARS-CoV-2 trong thời gian thực của Abbott (Abbott Molecular, Inc.) đã được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất, đã nhận được EUA19,22 từ WHO và FDA.Trong giao thức này, quá trình khử hoạt tính mẫu trước khi chiết xuất được thực hiện trong bể nước ở 56 ° C trong 30 phút.Sau khi bất hoạt vi-rút, quá trình chiết xuất axit nucleic được thực hiện trên thiết bị Abbott m2000 SP từ 0,5 ml VTM bằng cách sử dụng hệ thống chuẩn bị mẫu DNA Abbott m2000.theo nhà sản xuất.Quá trình khuếch đại và phát hiện được thực hiện bằng cách sử dụng thiết bị Abbott m2000 RT-PCR và quá trình phát hiện kép được thực hiện đối với các gen RdRp và N.ROX) và VIC P (thuốc nhuộm độc quyền) để nhắm mục tiêu và phát hiện các biện pháp kiểm soát nội bộ, cho phép phát hiện đồng thời cả hai sản phẩm khuếch đại 19 .
Phương pháp phát hiện khuếch đại của bộ này dựa trên công nghệ RT-PCR một bước.Các gen ORF1a/b và N đã được Công nghệ gen Daan chọn làm vùng được bảo tồn để phát hiện sự khuếch đại của vùng đích.Các mồi cụ thể và đầu dò huỳnh quang (đầu dò gen N được dán nhãn FAM, đầu dò ORF1a/b được dán nhãn VIC) đã được thiết kế để phát hiện RNA của SARS-CoV-2 trong các mẫu.Dung dịch rửa giải cuối cùng và hỗn hợp chính được chuẩn bị bằng cách thêm 5 µl dung dịch rửa giải vào 20 µl hỗn hợp chính để có thể tích cuối cùng là 25 µl.Quá trình khuếch đại và phát hiện được thực hiện đồng thời trên thiết bị PCR thời gian thực ABI 750024.
Các gen ORF1a/b và N được phát hiện bằng cách sử dụng Bộ công cụ chẩn đoán axit nucleic nCoV-2019 của Sansure Biotech (phát hiện PCR huỳnh quang).Chuẩn bị mẫu dò cụ thể cho từng gen mục tiêu bằng cách chọn kênh FAM cho vùng ORF1a/b và kênh ROX cho gen N.Đối với bộ xét nghiệm này, thuốc thử rửa giải và hỗn hợp chính được thêm vào như sau: chuẩn bị 30 µl thuốc thử hỗn hợp chính và 20 µl mẫu rửa giải để phát hiện/khuếch đại.PCR thời gian thực ABI 750025 được sử dụng để khuếch đại/phát hiện.
Xét nghiệm SARS-CoV-2 BGI là một bộ rRT-PCR huỳnh quang thời gian thực để chẩn đoán COVID-19.Vùng mục tiêu nằm trong vùng ORF1a/b của bộ gen SARS-CoV-2, đây là một phương pháp phát hiện gen đơn lẻ.Ngoài ra, gen giữ nhà của con người β-actin là một gen mục tiêu được điều hòa nội bộ.Hỗn hợp chính được chuẩn bị bằng cách trộn 20 µl thuốc thử hỗn hợp chính và 10 µl mẫu RNA được chiết xuất trong một đĩa giếng26.Một thiết bị PCR thời gian thực định lượng huỳnh quang ABI 7500 đã được sử dụng để khuếch đại và phát hiện.Tất cả quá trình khuếch đại axit nucleic, điều kiện chạy PCR cho từng xét nghiệm và giải thích kết quả được thực hiện theo hướng dẫn của nhà sản xuất tương ứng (Bảng 3).
Trong phân tích so sánh này, chúng tôi đã không sử dụng phương pháp tiêu chuẩn tham chiếu để xác định tỷ lệ phần trăm phù hợp (tích cực, tiêu cực và tổng thể) và các tham số so sánh khác cho bốn phân tích.Mỗi so sánh thử nghiệm được thực hiện với CRS, trong nghiên cứu này, CRS được đặt theo quy tắc “dương tính bất kỳ” và kết quả được xác định, không phải bằng một thử nghiệm duy nhất, chúng tôi sử dụng ít nhất hai kết quả thử nghiệm phù hợp.Ngoài ra, trong trường hợp lây truyền COVID-19, kết quả âm tính giả nguy hiểm hơn kết quả dương tính giả.Do đó, để nói "dương tính" một cách chính xác nhất có thể từ kết quả CRS, ít nhất hai xét nghiệm xét nghiệm phải dương tính, nghĩa là ít nhất một kết quả dương tính có khả năng đến từ xét nghiệm EUA.Như vậy, trong 4 kết quả xét nghiệm, có 2 kết quả xét nghiệm trở lên cho kết quả giống nhau thì được coi là dương tính thật hoặc âm tính18,27.
Dữ liệu được thu thập bằng các biểu mẫu trích xuất dữ liệu có cấu trúc, nhập và phân tích dữ liệu được thực hiện bằng phần mềm thống kê Excel và SPSS phiên bản 23.0 cho thống kê mô tả.Thỏa thuận phần trăm tích cực, tiêu cực và tổng thể đã được phân tích và điểm Kappa được sử dụng để xác định mức độ thỏa thuận của từng phương pháp với CRS.Giá trị Kappa được diễn giải như sau: 0,01-0,20 cho thỏa thuận nhẹ, 0,21-0,40 cho thỏa thuận chung, 0,41-0,60 cho thỏa thuận vừa phải, 0,61-0,80 cho thỏa thuận chính và 0,81-0,99 cho thỏa thuận hoàn toàn28.
Giấy phép đạo đức đã được lấy từ Đại học Addis Ababa và tất cả các giao thức thử nghiệm cho nghiên cứu này đã được phê duyệt bởi Hội đồng Đánh giá Đạo đức Khoa học của Viện Y tế Công cộng Ethiopia.Số tham chiếu cho Giấy phép Đạo đức EPHI là EPHI/IRB-279-2020.Tất cả các phương pháp được áp dụng theo các khuyến nghị và quy định trong Hướng dẫn toàn diện quốc gia của Ethiopia về điều trị COVID-19.Ngoài ra, đã có sự đồng ý bằng văn bản từ tất cả những người tham gia nghiên cứu trước khi tham gia nghiên cứu.
Tất cả dữ liệu thu được hoặc phân tích trong nghiên cứu này được bao gồm trong bài báo đã xuất bản này.Dữ liệu hỗ trợ kết quả của nghiên cứu này có sẵn từ tác giả tương ứng theo yêu cầu hợp lý.
Tổ chức Y tế Thế giới.Khuyến nghị về các chiến lược xét nghiệm trong phòng thí nghiệm đối với COVID-19: Hướng dẫn tạm thời, ngày 21 tháng 3 năm 2020 Số WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Chẩn đoán thông minh COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Tất cả trong Thực hành. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Chẩn đoán thông minh COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Tất cả trong Thực hành.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. và Gurgulianis, KI Chẩn đoán thông minh về COVID-19 tại khoa cấp cứu: mọi thứ trong thực tế.Muliou DS, Pantazopoulos I. và Gurgulyanis KI Chẩn đoán thông minh về COVID-19 tại các khoa cấp cứu: tích hợp từ đầu đến cuối trong thực tế.Chuyên gia Reverend Hô hấp.dược phẩm.3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL và St. George, K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL và St. George K. Đánh giá xét nghiệm COVID19 ID NOW EUA.J. Lâm sàng.Vi-rút.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
AI.Phòng thí nghiệm phát hiện bệnh vi-rút corona 2019 (COVID-19) ở người nghi ngờ mắc bệnh.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (truy cập ngày 15 tháng 8 năm 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al.Chẩn đoán COVID-19: Bệnh tật và Công cụ Xét nghiệm.ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. và cộng sự.Thành lập Trường Cao đẳng Bệnh học Đông, Trung và Nam Phi – Trường Bệnh học Khu vực Trung Đông và Nam Phi.Châu phi.Phòng thí nghiệm J.dược phẩm.9(1), 1-8 (2020).
Viện Y tế Công cộng Ethiopia, Bộ Y tế Liên bang.Chiến lược và Hướng dẫn Quốc gia Tạm thời về Chẩn đoán Phòng thí nghiệm đối với COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (truy cập ngày 12 tháng 8 năm 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Xét nghiệm âm tính giả đối với các thách thức và tác động của nhiễm trùng SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Xét nghiệm âm tính giả đối với các thách thức và tác động của nhiễm trùng SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim AS Xét nghiệm âm tính giả đối với nhiễm SARS-CoV-2 và hậu quả của chúng.Voloshin S., Patel N. và Kesselheim AS Các xét nghiệm âm tính giả đối với sự kích động và tác động của việc lây nhiễm SARS-CoV-2.N. Anh.J. Y học.383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả với COVID-19: Các chiến lược quản lý và phòng ngừa hô hấp, tiêm chủng và các quan điểm khác. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả với COVID-19: Các chiến lược quản lý và phòng ngừa hô hấp, tiêm chủng và các quan điểm khác. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả với COVID-19: các chiến lược điều trị và phòng ngừa bệnh hô hấp, tiêm chủng và con đường phía trước.Muliu, DS và Gurgulianis, KI Các trường hợp dương tính giả và âm tính giả của COVID-19: các chiến lược phòng ngừa và điều trị bệnh hô hấp, tiêm chủng và con đường phía trước.Chuyên gia Reverend Hô hấp.dược phẩm.15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. chẩn đoán COVID-19 tại khoa cấp cứu: Thấy cây nhưng mất rừng. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. chẩn đoán COVID-19 tại khoa cấp cứu: Thấy cây nhưng mất rừng.Mouliou, DS, Ioannis, P. và Konstantinos, G. Chẩn đoán COVID-19 tại Khoa Cấp cứu: Thấy Cây, Mất Rừng.Muliou DS, Ioannis P., và Konstantinos G. Chẩn đoán COVID-19 trong phòng cấp cứu: Không đủ rừng cho cây cối.Xuất hiện.dược phẩm.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al.Kiểm chứng và Kiểm chứng hiệu suất lâm sàng và phân tích của Xét nghiệm Abbott RealTime SARS-CoV-2.J. Lâm sàng.Vi-rút.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng gen khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi-rút bằng RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng gen khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi-rút bằng RT-PCR thông thường.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. và Aflatunyan, B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau của bộ gen COVID-19 để phát hiện nhiễm vi-rút bằng RT-PCR thông thường. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19 不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规毅〗磀 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. So sánh 5 vùng di truyền khác nhau của COVID-19 để phát hiện nhiễm vi-rút bằng RT-PCR thông thường.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. và Aflatunyan B. So sánh năm bộ mồi từ các vùng khác nhau của bộ gen COVID-19 để phát hiện nhiễm vi-rút bằng RT-PCR thông thường.Iran.J. Vi sinh vật học.12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al.Kết quả sơ bộ chương trình đánh giá ngoài chất lượng quốc gia xét nghiệm phát hiện trình tự bộ gen SARS-CoV-2.J. Lâm sàng.Vi-rút.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. và cộng sự.Đánh giá phân tích về hiệu quả của năm bộ dụng cụ RT-PCR đối với Hội chứng hô hấp cấp tính nặng do vi-rút corona 2. J. Clinical.phòng thí nghiệm.hậu môn.35(1), e23643 (2021).
Wang B. và cộng sự.Đánh giá bảy bộ dụng cụ phát hiện RNA SARS-CoV-2 có bán trên thị trường ở Trung Quốc dựa trên phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực (PCR).lâm sàng.Hóa chất.phòng thí nghiệm.dược phẩm.58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB và cộng sự.So sánh bảy bộ dụng cụ chẩn đoán RT-PCR COVID-19 thương mại.J. Lâm sàng.Vi-rút.128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al.So sánh hiệu suất chẩn đoán của hai bộ PCR để phát hiện axit nucleic của SARS-CoV-2.J. Lâm sàng.phòng thí nghiệm.hậu môn.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, v.v. Một nghiên cứu so sánh về bốn nền tảng xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (NAAT) SARS-CoV-2 cho thấy hiệu suất của ID NOW bị suy giảm đáng kể tùy thuộc vào bệnh nhân và loại mẫu.chẩn đoán.vi trùng học.lây nhiễm.giải tán.99(1), 115200 (2021).
phân tử Abbott.Tài liệu hướng dẫn gói phân tích SARS-CoV-2 theo thời gian thực của Abbott.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(Kể từ ngày 10 tháng 8 năm 2020) (2020).
Klein, S. và cộng sự.Phân lập RNA của SARS-CoV-2 bằng hạt từ tính để phát hiện nhanh trên quy mô lớn bằng RT-qPCR và RT-LAMP.Vi-rút 12(8), 863 (2020).